PDB-3zht: Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zht

タイトル

Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD, first post-decarboxylation intermediate from 2-oxoadipate

要素

MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

キーワード

OXIDOREDUCTASE / E1O

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Wagner, T. / Barilone, N. / Bellinzoni, M. / Alzari, P.M.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: A Dual Conformation of the Post-Decarboxylation Intermediate is Associated with Distinct Enzyme States in Mycobacterial Alpha-Ketoglutarate Decarboxylase (Kgd).
著者: Wagner, T. / Barilone, N. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.

履歴

登録	2012年12月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zht.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zht.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zhqC 3zhrC 3zhsC 3zhuC 3zhvC 2yicS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xta-1 6r2d-1 3zhv-1 3zhs-2 2yic-1 2xta-2 2yid-1 6r2c-1 3zhr-2 2yic-2 6r2c-2 6r2d-2 3zhs-1 3zhu-2 3zhq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (17) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (9) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

B: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

C: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

D: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

ヘテロ分子

391 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

B: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

D: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.366, 83.800, 159.513
Angle α, β, γ (deg.)	99.76, 99.06, 100.61
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.1942, 0.06, 0.9791), (0.0621, -0.9954, 0.0733), (0.979, 0.0751, 0.1896)	45.5568, 4.1429, -37.8003
2	given	(-0.9332, -0.3593, -0.0075), (-0.3593, 0.9332, -0.0006), (0.0072, 0.0021, -1)	0.0852, 0.0655, 0.6261
3	given	(0.1652, 0.1323, -0.9773), (0.3053, -0.9491, -0.0769), (-0.9378, -0.2857, -0.1972)	46.1252, 4.318, -37.5766

#1: タンパク質	MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME / 2-HYDROXY-3-OXOADIPATE SYNTHASE / HOA SYNTHASE / HOAS / 2-OXOGLUTARATE CARBOXY-LYASE / 2- ...2-HYDROXY-3-OXOADIPATE SYNTHASE / HOA SYNTHASE / HOAS / 2-OXOGLUTARATE CARBOXY-LYASE / 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE / ALPHA-KETOGLUTARATE DECARBOXYLASE / KG DECARBOXYLASE / KGD / ALPHA-KETOGLUTARATE-GLYOXYLATE CARBOLIGASE / 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT / ODH E1 COMPONENT / ALPHA-KETOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT / KDH E1 COMPONENT / DIHYDROLIPOYLLYSINE-RESIDUE SUCCINYLTRANSFERASE COMPONENT OF 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE COMPLEX / 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE COMPLEX E2 COMPONENT / ODH E2 COMPONENT / OGDC-E2 / DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE 分子量: 97166.648 Da / 分子数: 4 / 断片: SUCA-LIKE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 361-1127 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) 株: MC2_155 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: A0R2B1, 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase, 2-oxoglutarate decarboxylase, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring), dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-TD9 / (5S)-5-{3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-5-(2-{[(phosphonatooxy)phosphinato]oxy}ethyl)-1,3-thiazol-3-ium-2-yl}-5-hydroxypentanoate 分子量: 541.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₄O₁₀P₂S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1088 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TER FIRST GLYCINE RESIDUE IS A PURIFICATION TAG LEFTOVER (TEV CLEAVAGE SITE)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 59% MPD, 22.5 MM NA ACETATE PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月5日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→41.82 Å / Num. obs: 209671 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YIC

2yic

解像度: 2.15→41.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9218 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9082 / SU R Cruickshank DPI: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.232 / SU R_free Blow DPI: 0.183 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.188

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2457	10531	5.02 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
obs	0.2241	209661	97.49 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.1108 Å²	1.9324 Å²	-1.5589 Å²
2-	-	-0.0366 Å²	0.2256 Å²
3-	-	-	3.1474 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24960	0	144	1088	26192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	25620	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.01	34781	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		11790	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		651	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3862	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		25620	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.33
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.68
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3328	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		31365	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2535	794	5.18 %
R_work	0.2234	14520	-
all	0.225	15314	-
obs	-	-	97.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6418	-0.3328	0.1614	1.0479	-0.486	1.1395	-0.0391	0.0619	0.1616	-0.043	0.087	0.2666	-0.0987	-0.1188	-0.048	-0.154	0.1037	-0.0464	-0.1197	0.0767	0.0212	-16.5723	15.2267	-45.564
2	0.6277	-0.1216	0.165	0.6284	-0.2129	0.8548	-0.0295	-0.0803	-0.0678	0.1265	0.0615	0.0699	0.148	0.0628	-0.0321	-0.0073	0.1661	0.0303	-0.0806	0.0356	-0.0925	6.5821	-15.4449	-19.4726
3	1.1062	0.0289	0.2586	0.9523	0.0255	0.4855	-0.0083	0.3213	-0.1654	-0.243	0.0317	0.0736	0.1896	0.1498	-0.0234	-0.0169	0.093	-0.0151	-0.0255	-0.0305	-0.1614	5.3614	-15.243	-61.378
4	1.0078	0.1553	0.0147	1.0527	-0.3591	0.5266	-0.0691	0.0098	0.2787	0.0681	0.0245	-0.2156	-0.1122	0.1548	0.0446	-0.1431	0.0786	-0.0354	-0.0713	0.0112	-0.0195	24.1372	18.5221	-36.2774
5	0.5608	-0.0151	0.1279	1.0767	0.2188	0.9106	-0.1161	-0.1208	0.2954	0.0237	0.0712	-0.2263	-0.1816	0.0698	0.0449	-0.087	0.0872	-0.0854	-0.1559	-0.0524	0.042	9.6588	20.187	46.2276
6	0.6154	0.021	0.0816	0.7316	0.1969	0.9273	-0.0049	0.0614	-0.0371	-0.2227	0.0099	-0.0849	0.131	-0.007	-0.005	0.0393	0.0698	0.0318	-0.1366	0.0217	-0.0998	-0.54	-16.8536	20.1391
7	1.2156	-0.2219	0.2087	0.8672	-0.1663	0.5577	-0.0592	-0.3545	-0.1304	0.1294	0.0396	-0.0858	0.1217	-0.0951	0.0196	-0.0721	0.1306	-0.0179	-0.0046	0.0745	-0.1482	0.0221	-16.5121	61.8151
8	1.0808	-0.371	-0.0396	1.1392	0.071	0.7099	-0.0768	-0.1008	0.0774	-0.0756	0.0606	0.2762	-0.0776	-0.23	0.0161	-0.1434	0.1179	-0.0626	-0.0576	0.0216	-0.0552	-29.3757	8.3725	36.6443

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 366-810
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 831-1227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND RESID 365-810
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND RESID 831-1227
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND RESID 367-810
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN C AND RESID 831-1227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN D AND RESID 367-810
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND RESID 831-1227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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