[日本語] English
万見
- PDB-3v94: TcrPDEC1 catalytic domain in complex with inhibitor wyq16 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v94
タイトルTcrPDEC1 catalytic domain in complex with inhibitor wyq16
要素Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / trypanosoma PDE parasite / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site ...FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WYQ / Phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Wang, H. / Kunz, S. / Chen, G. / Seebeck, T. / Wan, Y. / Robinson, H. / Martinelli, S. / Ke, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: TcrPDEC1 catalytic domain in complex with inhibitor wyq16
著者: Wang, H. / Kunz, S. / Chen, G. / Seebeck, T. / Wan, Y. / Robinson, H. / Martinelli, S. / Ke, H.
履歴
登録2011年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
B: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
C: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
D: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
E: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
F: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
G: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
H: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,12132
ポリマ－302,5838
非ポリマー4,53824
水15,439857
1
A: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3904
ポリマ－37,8231
非ポリマー5673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3904
ポリマ－37,8231
非ポリマー5673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3904
ポリマ－37,8231
非ポリマー5673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3904
ポリマ－37,8231
非ポリマー5673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3904
ポリマ－37,8231
非ポリマー5673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3904
ポリマ－37,8231
非ポリマー5673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3904
ポリマ－37,8231
非ポリマー5673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3904
ポリマ－37,8231
非ポリマー5673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.147, 131.147, 394.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細unknown

-
要素

#1: タンパク質
Cyclic nucleotide specific phosphodiesterase


分子量: 37822.891 Da / 分子数: 8 / 断片: caatalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: trypanosoma cruzi / 遺伝子: PDEC, TcrPDEC1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q53I60, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-WYQ / propan-2-yl {[4-ethoxy-3-(1-methyl-7-oxo-3-propyl-6,7-dihydro-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]sulfonyl}carbamate


分子量: 477.534 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N5O6S
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 857 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: The catalytic domain of the unliganded TcrPDEC1 (270-614) complex with wyq16 were crystallized by vapor diffusion against a well buffer of 20% PEG3350, 0.4 M Na formate, 0.2 M guanidine, 0.1 ...詳細: The catalytic domain of the unliganded TcrPDEC1 (270-614) complex with wyq16 were crystallized by vapor diffusion against a well buffer of 20% PEG3350, 0.4 M Na formate, 0.2 M guanidine, 0.1 M MES pH 6.5 at 4oC., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月23日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→30 Å / Num. obs: 146141 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 8.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.268 14030 random
Rwork0.224 --
obs0.224 140293 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20625 0 280 857 21762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る