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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uwk | ||||||
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タイトル | Structure Guided Development of Novel Thymidine Mimetics targeting Pseudomonas aeruginosa Thymidylate Kinase: from Hit to Lead Generation | ||||||
![]() | Thymidylate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Thymidylate kinase / kinase / thymidine triphosphate / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Choi, J.Y. / Plummer, M.S. / Starr, J. / Desbonnet, C.R. / Soutter, H.H. / Chang, J. / Miller, J.R. / Dillman, K. / Miller, A.A. / Roush, W.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure guided development of novel thymidine mimetics targeting Pseudomonas aeruginosa thymidylate kinase: from hit to lead generation. 著者: Choi, J.Y. / Plummer, M.S. / Starr, J. / Desbonnet, C.R. / Soutter, H. / Chang, J. / Miller, J.R. / Dillman, K. / Miller, A.A. / Roush, W.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25451.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.93 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: The protein was mixed 1:1 with a reservoir solution containing 30% PEG 4000, 0.2M MgCl2, and 0.1 M Tris pH 7.5 - 8.5 and incubated at 295, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→62.87 Å / Num. all: 29391 / Num. obs: 110874 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2876 / Rsym value: 0.443 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.215 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→62.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.908→1.957 Å / Total num. of bins used: 20
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