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- PDB-3tem: Quinone Oxidoreductase (NQ02) bound to the imidazoacridin-6-one 6a1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tem
タイトルQuinone Oxidoreductase (NQ02) bound to the imidazoacridin-6-one 6a1
要素Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding ...ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6A1 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IMIDAZOLE / Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Dunstan, M.S. / Leys, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Novel Inhibitors of NRH:Quinone Oxidoreductase 2 (NQO2): Crystal Structures, Biochemical Activity, and Intracellular Effects of Imidazoacridin-6-ones.
著者: Dunstan, M.S. / Barnes, J. / Humphries, M. / Whitehead, R.C. / Bryce, R.A. / Leys, D. / Stratford, I.J. / Nolan, K.A.
履歴
登録2011年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月5日Group: Database references
改定 1.22011年10月19日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
B: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7869
ポリマ－51,3002
非ポリマー2,4867
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.764, 83.571, 106.281
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone] / NRH dehydrogenase [quinone] 2 / NRH:quinone oxidoreductase 2 / Quinone reductase 2 / QR2


分子量: 25650.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NQO2, NMOR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16083, EC: 1.10.99.2

-
非ポリマー , 5種, 484分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-6A1 / hydroxy(2-{[(5S)-6-hydroxy-8-methoxy-4,5-dihydro-3H-imidazo[4,5,1-de]acridin-5-yl]amino}ethyl)dimethylammonium


分子量: 357.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25N4O3
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月11日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→28.29 Å / Num. all: 90301 / Num. obs: 88590 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1.49 / Observed criterion σ(I): 1.49 / Biso Wilson estimate: 14.37 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→28.281 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.88 / FOM work R set: 0.9097 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1651 4449 5.02 %
Rwork0.1491 --
obs0.1499 88576 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.982 Å2 / ksol: 0.433 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 120.78 Å2 / Biso mean: 24.4693 Å2 / Biso min: 6.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5763 Å20 Å2-0 Å2
2---0.2348 Å20 Å2
3----0.3415 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→28.281 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3618 0 165 477 4260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4925317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008653
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.491450
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.46650.26751170.28562318243582
1.4665-1.48370.29481540.25432432258687
1.4837-1.50180.24981580.24852524268291
1.5018-1.52080.26691310.23972668279994
1.5208-1.54080.2271220.22072735285797
1.5408-1.5620.2541340.202528432977100
1.562-1.58430.21061620.191328162978100
1.5843-1.60790.20381330.172328592992100
1.6079-1.6330.21481620.176928092971100
1.633-1.65980.19321180.160128362954100
1.6598-1.68840.18791560.160428172973100
1.6884-1.71910.16731650.154528353000100
1.7191-1.75220.17831220.152428152937100
1.7522-1.78790.19171580.152628543012100
1.7879-1.82680.17521340.149328693003100
1.8268-1.86930.17161590.14928002959100
1.8693-1.9160.17241560.147328402996100
1.916-1.96780.1671190.143528802999100
1.9678-2.02570.17131620.137928362998100
2.0257-2.09110.1451460.146428522998100
2.0911-2.16580.16991810.145328142995100
2.1658-2.25250.14721630.134928613024100
2.2525-2.35490.14321570.127928623019100
2.3549-2.4790.15861580.128328603018100
2.479-2.63420.12921530.132528583011100
2.6342-2.83750.151710.141228793050100
2.8375-3.12270.14011390.146428993038100
3.1227-3.57380.1811590.144929173076100
3.5738-4.49960.13831440.126929443088100
4.4996-28.28620.14771560.152995315197
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.0071 Å / Origin y: -7.9819 Å / Origin z: 15.1301 Å
111213212223313233
T0.074 Å20.0131 Å2-0.0088 Å2-0.0498 Å2-0.003 Å2--0.0875 Å2
L0.2648 °2-0.0536 °20.3521 °2-0.349 °2-0.2738 °2--2.0178 °2
S0.0571 Å °0.0125 Å °-0.0068 Å °-0.0523 Å °0.013 Å °0.0303 Å °0.2224 Å °0.0182 Å °-0.0654 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 229
2X-RAY DIFFRACTION1allA - B231 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 229
4X-RAY DIFFRACTION1allB - A231 - 501
5X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 541
6X-RAY DIFFRACTION1allA1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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