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- PDB-3sv3: Crystal structure of the large fragment of DNA polymerase I from ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sv3 | ||||||
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Title | Crystal structure of the large fragment of DNA polymerase I from Thermus Aquaticus in a closed ternary complex with the artificial base pair dNaM-d5SICSTP | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / artificial base pair / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() nucleoside binding / 5'-3' exonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Betz, K. / Diederichs, K. / Marx, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: KlenTaq polymerase replicates unnatural base pairs by inducing a Watson-Crick geometry. Authors: Betz, K. / Malyshev, D.A. / Lavergne, T. / Welte, W. / Diederichs, K. / Dwyer, T.J. / Ordoukhanian, P. / Romesberg, F.E. / Marx, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 366.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 298.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3rtvC ![]() 3sv4C ![]() 3syzC ![]() 3sz2C ![]() 3m8sS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 60936.965 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Klenow Fragment, UNP residues 293-832 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules BC
#2: DNA chain | ( Mass: 3617.371 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA synthesizer |
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#3: DNA chain | ( Mass: 4971.287 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA synthesizer |
-Non-polymers , 5 types, 268 molecules ![](data/chem/img/5SI.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-FMT / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 13% PEG 8000, 100mM NH4Cl, 0.1M MgFormate, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 17, 2010 |
Radiation | Monochromator: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→47 Å / Num. all: 36595 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.98 % / Net I/σ(I): 12.41 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique all: 5822 / % possible all: 99.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Starting model: PDB ENTRY 3M8S Resolution: 2.1→47.001 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.2 / Phase error: 22.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.65 Å / VDW probe radii: 0.8 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.717 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→47.001 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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