+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sbp | ||||||
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Title | Pseudomonas stutzeri nitrous oxide reductase, P1 crystal form | ||||||
Components | Nitrous-oxide reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / beta-propeller / cupredoxin domain / reductase / copper-containing / periplasmic | ||||||
Function / homology | Function and homology information nitrous-oxide reductase / nitrous-oxide reductase activity / copper ion import / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / periplasmic space / copper ion binding / calcium ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas stutzeri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Pomowski, A. / Zumft, W.G. / Kroneck, P.M.H. / Einsle, O. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2011 Title: N2O binding at a [4Cu:2S] copper-sulphur cluster in nitrous oxide reductase. Authors: Pomowski, A. / Zumft, W.G. / Kroneck, P.M. / Einsle, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sbp.cif.gz | 1.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sbp.ent.gz | 1.5 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sbp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3sbp_validation.pdf.gz | 541.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3sbp_full_validation.pdf.gz | 603.5 KB | Display | |
Data in XML | 3sbp_validation.xml.gz | 189.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3sbp_validation.cif.gz | 270.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/3sbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/3sbp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3sbqC 3sbrC 1fwxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 70916.406 Da / Num. of mol.: 8 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Pseudomonas stutzeri (bacteria) / References: UniProt: P19573, EC: 1.7.99.6 |
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-Non-polymers , 7 types, 3016 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CUA / #3: Chemical | ChemComp-CUK / [ #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-K / #7: Chemical | ChemComp-IMD / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 16 % PEG 6000, 0.2 M imidazole/malate buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 15, 2009 / Details: mirrors |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→46.1 Å / Num. obs: 242775 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 16.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1FWX Resolution: 2.1→46.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 12.99 / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.208 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.708 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→46.02 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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