PDB-3sbf: Crystal structure of the mutant P311A of enolase superfamily memb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sbf

タイトル

Crystal structure of the mutant P311A of enolase superfamily member from VIBRIONALES BACTERIUM complexed with Mg and D-Arabinonate

要素

mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

キーワード

ISOMERASE / enolase fold / acid sugar dehydratase / D-Araninonate

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrionales bacterium SWAT-3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the mutant P311A of enolase superfamily member from Vibrionales bacterium complexed with Mg and D-Arabinonate
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2011年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sbf.cif.gz	349.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sbf.ent.gz	281.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sbf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sbf_validation.pdf.gz	482.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sbf_full_validation.pdf.gz	495 KB	表示
XML形式データ	3sbf_validation.xml.gz	69.4 KB	表示
CIF形式データ	3sbf_validation.cif.gz	101.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/3sbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/3sbf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r25S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3r25-4 3twa-3 3r25-3 3qke-4 3s47-d 3r25-1 2qjj-1 4kt2-3 3twb-2 3ow1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

B: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

C: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

D: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

183 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

D: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

C: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

C: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
91.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

D: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
91.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

A: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

B: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

A: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

B: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

C: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

D: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

C: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

D: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

A: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

B: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

C: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

D: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

A: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

B: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

C: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

D: mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
366 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.372, 163.372, 110.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-427- HOH
2	1	B-1360- HOH
3	1	C-1238- HOH
4	1	C-1313- HOH
5	1	D-481- HOH
6	1	D-1344- HOH
7	1	D-1355- HOH

#1: タンパク質	mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme 分子量: 45378.359 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 2-399 / 変異: P311A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrionales bacterium SWAT-3 (バクテリア) 遺伝子: VSWAT3_13707 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5KUH4
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-D8T / D-arabinonic acid / D-アラビノン酸分子量: 166.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 3350, 0.1M Hepes, 0.2M Proline, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月1日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46.794 Å / Num. all: 232178 / Num. obs: 232178 / % possible obs: 98.27 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3R25

3r25

解像度: 1.5→46.794 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2065	11637	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1797	-	-	-
all	0.1811	232178	-	-
obs	0.1811	232178	98.27 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.946 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7497 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.7497 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.4994 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.794 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12618	0	79	1397	14094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	13066
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	17781
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.438	4816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1920
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2330

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.4033	258	0.3697	4916	X-RAY DIFFRACTION	66
1.517-1.5349	0.3607	332	0.3445	6648	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5349-1.5536	0.3414	395	0.3236	7333	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5536-1.5733	0.3135	423	0.2935	7331	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5733-1.594	0.2887	377	0.2636	7411	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.6158	0.2875	357	0.2526	7473	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6389	0.2866	380	0.2417	7404	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6389-1.6634	0.2638	423	0.2231	7385	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6634-1.6894	0.2551	405	0.2184	7405	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6894-1.7171	0.246	394	0.2085	7429	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7467	0.2576	401	0.2054	7394	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7467-1.7784	0.2254	436	0.2014	7430	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.2414	413	0.1954	7385	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8496	0.2535	369	0.1994	7423	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8899	0.2633	382	0.1996	7457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9338	0.2198	359	0.1941	7514	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9822	0.239	402	0.1926	7389	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9822-2.0358	0.2467	411	0.1948	7443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0358-2.0957	0.2367	385	0.1924	7445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0957-2.1633	0.2273	392	0.1914	7429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.2406	0.2261	394	0.1871	7440	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2406-2.3304	0.2357	364	0.1804	7447	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3304-2.4364	0.2124	394	0.1856	7422	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4364-2.5649	0.2151	404	0.1804	7433	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5649-2.7255	0.2061	365	0.1832	7488	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7255-2.9359	0.2158	383	0.1831	7492	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9359-3.2313	0.1861	385	0.1711	7566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2313-3.6988	0.1661	405	0.1488	7582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6988-4.6594	0.1421	435	0.1345	7647	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6594-46.8164	0.1671	414	0.1518	7980	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)