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万見
- PDB-3ojs: Snapshots of the large fragment of DNA polymerase I from Thermus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ojs
タイトルSnapshots of the large fragment of DNA polymerase I from Thermus Aquaticus processing C5 modified thymidines
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(DOC))-3')
  • DNA polymerase I, thermostable
キーワードTransferase/DNA / DNA polymerase / C5 modified nucleotide analogs / binding pocket / denron-labeled triphosphate / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / 5'-3' exonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-XJS / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I, thermostable
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Marx, A. / Diederichs, K. / Obeid, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the synthesis of nucleobase modified DNA by Thermus aquaticus DNA polymerase.
著者: Obeid, S. / Baccaro, A. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A.
履歴
登録2010年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I, thermostable
B: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(DOC))-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,11121
ポリマ－69,5033
非ポリマー2,60818
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.829, 107.829, 90.197
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-840-

ACT

21A-840-

ACT

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase I, thermostable / Taq polymerase 1


分子量: 60936.965 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 292-832 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: polA, pol1 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P19821, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(DOC))-3')


分子量: 3617.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 4948.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide

-
非ポリマー , 6種, 349分子

#4: 化合物 ChemComp-XJS / 2'-deoxy-5-[9-(3-{[4-(diethylamino)-4-oxobutanoyl]amino}propyl)-18-ethyl-5,8,14,17-tetraoxo-4,9,13,18-tetraazaicos-1-yn-1-yl]uridine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)


分子量: 1044.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H63N8O20P3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M Na cacodylate ph 6.5, 0.2M NH4OAc, 0.01M Mg(OAc)2, 26% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月20日
詳細: vertically collimating mirror (M1, focus at infinity), followed by a Bartels Monochromator with dual channel cut crystals
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals and a toroidal mirror (M2)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 47553 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 40.024 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 14.71
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M8R

3m8r


解像度: 1.9→46.691 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: isotropic and tls / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2117 2401 5.05 %random
Rwork0.1634 ---
obs0.1659 47553 99.03 %-
all-47553 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.124 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3171 Å20 Å2-0 Å2
2--1.3171 Å2-0 Å2
3----2.6343 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4286 569 148 331 5334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.127080
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6362040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061762
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01818
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93880.28231230.25782333X-RAY DIFFRACTION89
1.9388-1.98090.33891490.24652600X-RAY DIFFRACTION98
1.9809-2.0270.26421500.22792611X-RAY DIFFRACTION99
2.027-2.07770.23551450.19262657X-RAY DIFFRACTION99
2.0777-2.13390.26271260.19072643X-RAY DIFFRACTION100
2.1339-2.19670.22991300.18342670X-RAY DIFFRACTION100
2.1967-2.26760.26761320.17582661X-RAY DIFFRACTION100
2.2676-2.34860.2331310.1612657X-RAY DIFFRACTION100
2.3486-2.44270.2281250.16052675X-RAY DIFFRACTION100
2.4427-2.55380.23051470.16092674X-RAY DIFFRACTION100
2.5538-2.68840.23631490.16432638X-RAY DIFFRACTION100
2.6884-2.85690.20041430.16562679X-RAY DIFFRACTION100
2.8569-3.07740.22861320.17052696X-RAY DIFFRACTION100
3.0774-3.3870.18891550.1572693X-RAY DIFFRACTION100
3.387-3.87690.1841580.14232695X-RAY DIFFRACTION100
3.8769-4.88370.17461450.12812737X-RAY DIFFRACTION100
4.8837-46.70540.20821610.17452833X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35140.2176-0.00560.465-0.00690.83560.00830.0025-0.0396-0.07450.0043-0.09480.047-0.0506-0.01450.1791-0.03120.00890.16010.01390.181235.7495-25.5804-9.0924
21.4708-0.609-0.66471.8538-1.33621.9377-0.2539-0.32630.00720.72680.64150.2248-0.8886-0.5873-0.3490.60780.36170.08780.64220.08990.2719.0381-11.7539-3.204
30.1274-0.23480.40470.6309-0.47931.528-0.06040.0275-0.014-0.0960.20180.1538-0.0251-0.4964-0.14660.1673-0.0298-0.00370.27250.04530.18118.6428-25.7855-14.8447
40.03990.0039-0.29012.0293-1.49813.0466-0.0541-0.0153-0.04050.1271-0.1202-0.0996-0.17570.3460.14590.1162-0.0241-0.01490.19420.01960.253336.5261-22.71894.2044
50.27310.4310.0310.7187-0.1771.0557-0.1501-0.0492-0.15010.00760.1806-0.0866-0.0184-0.1328-0.02950.16460.0396-0.0230.24520.01990.180134.0305-23.66715.5616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 295:627)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 628:697)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 698:832)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 101:112)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 203:216)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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