PDB-3nyd: Crystal Structure of Kemp Eliminase HG-2 Complexed with Transitio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nyd

タイトル

Crystal Structure of Kemp Eliminase HG-2 Complexed with Transition State Analog 5-Nitro Benzotriazole

要素

Endo-1,4-beta-xylanase

キーワード

HYDROLASE / Tim Barrel / Kemp Elimination Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.23 Å

データ登録者

Lee, T.M. / Privett, H.K. / Kaiser, J.T. / Mayo, S.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Iterative approach to computational enzyme design.
著者: Privett, H.K. / Kiss, G. / Lee, T.M. / Blomberg, R. / Chica, R.A. / Thomas, L.M. / Hilvert, D. / Houk, K.N. / Mayo, S.L.

履歴

登録	2010年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年4月25日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nyd.cif.gz	310.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nyd.ent.gz	266.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nyd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nyd_validation.pdf.gz	489.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nyd_full_validation.pdf.gz	514.5 KB	表示
XML形式データ	3nyd_validation.xml.gz	36.7 KB	表示
CIF形式データ	3nyd_validation.cif.gz	55.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3nyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3nyd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nyzC 3nz1C 3o2lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5rg5-d 5gt9-d 3dur-d 3bif-d 5fa7-d 6tu6-2 1ja0-2 4eiv-d 6ka0-1 7k4x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase

B: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

69.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.766, 78.054, 98.203
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

AS PER THE AUTHORS THE OLIGOMERIC STATE OF HG2 APPEARS TO BE CONCENTRATION DEPENDENT WITH OLIGOMERS OF AT LEAST TETRAMERIC WEIGHT FORMING AT CONCENTRATIONS AS LOW AS 50 UM.

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase / Xylanase / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase / TAXI 分子量: 34269.441 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-329 変異: Q27E, Q68M, T70W, R107G, H109G, T110M, N156G, N198M, A260S, T262L,E263M, T291S, W293F 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 遺伝子: Xylanase I, XYNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23360, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-3NY / 5-nitro-1H-benzotriazole 分子量: 164.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate, 2M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.99 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.5 % / Av σ(I) over netI: 8.9 / 数: 574939 / R_sym value: 0.046 / D res high: 1.23 Å / D res low: 61.104 Å / Num. obs: 166622 / % possible obs: 98.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
3.89	34.08	86.8	1	0.033	0.033	3.4
2.75	3.89	98.1	1	0.034	0.034	3.7
2.25	2.75	99.4	1	0.038	0.038	3.7
1.94	2.25	99.5	1	0.048	0.048	3.7
1.74	1.94	100	1	0.055	0.055	3.7
1.59	1.74	100	1	0.079	0.079	3.7
1.47	1.59	100	1	0.102	0.102	3.7
1.38	1.47	100	1	0.169	0.169	3.6
1.3	1.38	100	1	0.262	0.262	3.5
1.23	1.3	96.4	1	0.338	0.338	2.3

反射

解像度: 1.23→61.104 Å / Num. obs: 166622 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.23-1.3	2.3	0.338	2	0.338	1	96.4
1.3-1.38	3.5	0.262	2.6	0.262	1	100
1.38-1.47	3.6	0.169	3.8	0.169	1	100
1.47-1.59	3.7	0.102	6.8	0.102	1	100
1.59-1.74	3.7	0.079	8.4	0.079	1	100
1.74-1.94	3.7	0.055	11.4	0.055	1	100
1.94-2.25	3.7	0.048	12.4	0.048	1	99.5
2.25-2.75	3.7	0.038	15.7	0.038	1	99.4
2.75-3.89	3.7	0.034	18	0.034	1	98.1
3.89-34.081	3.4	0.033	18.7	0.033	1	86.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 45.91 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.23 Å	34.08 Å
Translation	1.23 Å	34.08 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.12	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.23→34.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 2.119 / SU ML: 0.04 / SU R Cruickshank DPI: 0.0498 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19597	8337	5 %	RANDOM
R_work	0.15684	-	-	-
obs	0.15878	158059	98.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.194 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.3 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.23→34.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4591	0	50	670	5311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	5864
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.354	1.946	8055
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.46	3	9180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.54	5	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.272	25.686	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.839	15	913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.884	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	6724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.467	1.5	3723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.986	1.5	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.247	2	6030
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.341	3	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.764	4.5	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.35	3	9583
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	17.74	3	716
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	9.485	3	9436

LS精密化シェル

解像度: 1.23→1.262 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	622	-
R_work	0.308	10922	-
obs	-	-	93.22 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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