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- PDB-3ndv: Crystal structure of the N-terminal beta-aminopeptidase BapA in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ndv
タイトルCrystal structure of the N-terminal beta-aminopeptidase BapA in complex with ampicillin
要素Beta-peptidyl aminopeptidase
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / Ntn-hydrolase / beta-aminopeptidase / beta-peptide / alpha-beta-beta-alpha sandwich / N-terminal beta-aminopeptidase / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-peptidyl aminopeptidase / aminopeptidase activity / periplasmic space / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S58, DmpA / Peptidase family S58 / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / ArgJ-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AIC / Chem-NDV / Beta-peptidyl aminopeptidase BapA
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingosinicella xenopeptidilytica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Merz, T. / Heck, T. / Geueke, B. / Kohler, H.-P.E. / Gruetter, M.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures and inhibition of the beta-aminopeptidase BapA, a new ampicillin-recognizing member of the N-terminal nucleophile hydrolase family
著者: Heck, T. / Merz, T. / Geueke, B. / Gruetter, M.G. / Kohler, H.-P.E.
履歴
登録2010年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-peptidyl aminopeptidase
B: Beta-peptidyl aminopeptidase
C: Beta-peptidyl aminopeptidase
D: Beta-peptidyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,00814
ポリマ－154,5394
非ポリマー2,46910
水20,5011138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20240 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area40950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.900, 96.400, 101.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Beta-peptidyl aminopeptidase


分子量: 38634.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingosinicella xenopeptidilytica (バクテリア)
株: 3-2W4 / 遺伝子: bapA / プラスミド: pYBapA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q52VH2
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-AIC / (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID / AMPICILLIN / D(-)-ALPHA-AMINOBENZYLPENICILLIN / 6-[D(-)-ALPHA-AMINOPHENYLLACETAMIDO]PENICILLANIC ACID / アンピシリン


分子量: 349.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N3O4S / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NDV / (2S,4S)-2-[(1R)-1-{[(2R)-2-amino-2-phenylacetyl]amino}-2-oxoethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid


分子量: 351.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N3O4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15mg/ml protein, 1.5M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年2月12日 / 詳細: dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 172088 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.31 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 9.23
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 2.72 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 70374 / Rsym value: 0.581 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N2W

3n2w


解像度: 1.7→48.835 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1921 6881 4 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.168 172065 98.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.428 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6686 Å2-0 Å2-0.5142 Å2
2---2.8793 Å20 Å2
3---3.548 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.835 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10605 0 168 1138 11911
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10415010
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1864090
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091982
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.72030.27692020.254845X-RAY DIFFRACTION88
1.7203-1.74060.26442190.23315269X-RAY DIFFRACTION95
1.7406-1.76180.27562250.23265384X-RAY DIFFRACTION97
1.7618-1.78410.23342300.22135531X-RAY DIFFRACTION100
1.7841-1.80760.2572300.2035508X-RAY DIFFRACTION100
1.8076-1.83230.22642300.19245518X-RAY DIFFRACTION100
1.8323-1.85850.21342320.18485573X-RAY DIFFRACTION100
1.8585-1.88630.20332310.17355554X-RAY DIFFRACTION100
1.8863-1.91570.20672290.16975505X-RAY DIFFRACTION100
1.9157-1.94720.20332310.16865544X-RAY DIFFRACTION100
1.9472-1.98070.20442290.16835509X-RAY DIFFRACTION100
1.9807-2.01670.21932310.16635539X-RAY DIFFRACTION99
2.0167-2.05550.20032300.16145529X-RAY DIFFRACTION100
2.0555-2.09750.17692300.15665537X-RAY DIFFRACTION99
2.0975-2.14310.18912300.15465502X-RAY DIFFRACTION100
2.1431-2.1930.19942300.15835530X-RAY DIFFRACTION100
2.193-2.24780.18232310.14795540X-RAY DIFFRACTION100
2.2478-2.30860.18842310.1545555X-RAY DIFFRACTION100
2.3086-2.37650.16762300.15545505X-RAY DIFFRACTION100
2.3765-2.45320.18142310.15055559X-RAY DIFFRACTION100
2.4532-2.54090.17992310.15845536X-RAY DIFFRACTION100
2.5409-2.64260.18552320.16165562X-RAY DIFFRACTION100
2.6426-2.76290.17582310.15565548X-RAY DIFFRACTION100
2.7629-2.90850.18792310.15995558X-RAY DIFFRACTION100
2.9085-3.09070.17822320.15625552X-RAY DIFFRACTION100
3.0907-3.32930.17952320.15325559X-RAY DIFFRACTION99
3.3293-3.66420.16622300.14285537X-RAY DIFFRACTION99
3.6642-4.19420.15232330.14215579X-RAY DIFFRACTION99
4.1942-5.28330.15962300.15145538X-RAY DIFFRACTION99
5.2833-48.85470.19812370.19875679X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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