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万見
- PDB-3m00: Crystal Structure of 5-epi-aristolochene synthase M4 mutant compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m00
タイトルCrystal Structure of 5-epi-aristolochene synthase M4 mutant complexed with (2-cis,6-trans)-2-fluorofarnesyl diphosphate
要素Aristolochene synthase
キーワードLYASE / plant terpenoid cyclase / 5-epi-aristolochene synthase / metal-binding domain / (2-cis / 6-trans)-2-fluorofarnesyl diphosphate / Magnesium / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


(+)-2-epi-prezizaene synthase / (-)-alpha-cedrene synthase / 5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2CF / 5-epi-aristolochene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Noel, J.P. / Dellas, N. / Faraldos, J.A. / Zhao, M. / Hess Jr., B.A. / Smentek, L. / Coates, R.M. / O'Maille, P.E.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural elucidation of cisoid and transoid cyclization pathways of a sesquiterpene synthase using 2-fluorofarnesyl diphosphates.
著者: Noel, J.P. / Dellas, N. / Faraldos, J.A. / Zhao, M. / Hess, B.A. / Smentek, L. / Coates, R.M. / O'Maille, P.E.
履歴
登録2010年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6835
ポリマ－63,2101
非ポリマー4734
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.100, 126.100, 122.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Aristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase / EAS


分子量: 63209.758 Da / 分子数: 1 / 変異: A274T, V372I, Y406L, V516I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pHis9GW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q40577, aristolochene synthase
#2: 化合物 ChemComp-2CF / (2E,6E)-2-fluoro-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-yl trihydrogen diphosphate / 二りん酸α-[(2E,6E)-2-フルオロ-3,7,11-トリメチルドデカ-2,6,10-トリエニル]


分子量: 400.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H27FO7P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG 8000, 200 mM magnesium acetate, 100 mM MOPSO, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 62326 / Num. obs: 61361 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.01 % / Biso Wilson estimate: 38.567 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 15.76
反射 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. measured obs: 30095 / Num. unique all: 8174 / Num. unique obs: 7714 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5EAT

5eat


解像度: 2.1→43.91 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 2885 5 %
Rwork0.221 --
obs-57483 99 %
溶媒の処理Bsol: 47.306 Å2
原子変位パラメータBiso max: 97.32 Å2 / Biso mean: 44.636 Å2 / Biso min: 20.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.068 Å20 Å20 Å2
2---13.068 Å20 Å2
3---26.135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4302 0 28 372 4702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1832
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2942.5
LS精密化 シェル最高解像度: 2.1 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2586 2885
Rwork0.2205 -
obs-57483
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3C2F_par.txt
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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