[日本語] English
万見
- PDB-3l77: X-ray structure alcohol dehydrogenase from archaeon Thermococcus ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l77
タイトルX-ray structure alcohol dehydrogenase from archaeon Thermococcus sibiricus complexed with 5-hydroxy-NADP
要素Short-chain alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NJP / Short-chain alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus sibiricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Lyashenko, A.V. / Lashkov, A.A. / Gabdoulkhakov, A.G. / Mikhailov, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure alcohol dehydrogenase from archaeon Thermococcus sibiricus complexed with 5-hydroxy-NADP
著者: Lyashenko, A.V. / Lashkov, A.A. / Gabdoulkhakov, A.G. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2009年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年4月3日Group: Derived calculations / Refinement description
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name / _software.version
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Short-chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,30813
ポリマ－26,3181
非ポリマー1,99012
水3,765209
1
A: Short-chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short-chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short-chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short-chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,23252
ポリマ－105,2734
非ポリマー7,95948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area19310 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area30460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.620, 83.230, 120.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Short-chain alcohol dehydrogenase


分子量: 26318.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus sibiricus (古細菌) / 株: MM 739 / DSM 12597 / 遺伝子: TSIB_0319 / プラスミド: pET_Tsib0319 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami (DE3) / 参照: UniProt: C6A190, alcohol dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 221分子

#2: 化合物 ChemComp-NJP / 5-hydroxy-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 5-hydroxy-NADP


分子量: 760.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O18P3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: The reservoir solutions consisted of 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M sodium chloride, 25% w/v PEG 3350. The crystallization drop contained 2 μl of TsAdh319 solution (10 mg/ml) in 25 м ...詳細: The reservoir solutions consisted of 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M sodium chloride, 25% w/v PEG 3350. The crystallization drop contained 2 μl of TsAdh319 solution (10 mg/ml) in 25 мМ Tris-HCl and 300 мМ NaCl, рН 7.5, and 2 μl reservoir solution. Crystals of dimensions 0.4 x 0.1 x 0.06 mm were obtained after 3-4 weeks. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8148
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→20 Å / Num. obs: 35365 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 18.45
反射 シェル解像度: 1.55→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6_289精密化
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB CODE 2JAP

2jap


解像度: 1.55→19.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU ML: 0.16 / σ(F): 2.35 / 位相誤差: 16.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 1061 3 %
Rwork0.133 --
obs0.134 35365 86.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9327 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.5237 Å2-0 Å2
3----3.529 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 118 209 2181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062105
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1862841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.42825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.106307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.62050.31031170.22833761X-RAY DIFFRACTION76
1.6205-1.70590.21721240.15674014X-RAY DIFFRACTION81
1.7059-1.81270.17241270.12184105X-RAY DIFFRACTION84
1.8127-1.95260.16641310.1044246X-RAY DIFFRACTION86
1.9526-2.14890.1681380.10154451X-RAY DIFFRACTION90
2.1489-2.45930.15851400.10634537X-RAY DIFFRACTION91
2.4593-3.09650.15211400.12494519X-RAY DIFFRACTION90
3.0965-19.67360.18181440.13754671X-RAY DIFFRACTION90

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る