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- PDB-3kme: Crystal structure of catalytic domain of TACE with phenyl-pyrroli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kme
タイトルCrystal structure of catalytic domain of TACE with phenyl-pyrrolidinyl-tartrate inhibitor
要素TNF-alpha-converting enzyme
キーワードHYDROLASE / A disintegrin and metalloproteinase domain 17 / TNF-alpha-converting enzyme / TNF-alpha convertase / Snake venom-like protease / Cleavage on pair of basic residues / Glycoprotein / Membrane / Metal-binding / Metalloprotease / Notch signaling pathway / Phosphoprotein / Protease / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


ADAM 17 endopeptidase / regulation of mast cell apoptotic process / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / Notch receptor processing / interleukin-6 receptor binding / tumor necrosis factor binding / positive regulation of T cell chemotaxis ...ADAM 17 endopeptidase / regulation of mast cell apoptotic process / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / Notch receptor processing / interleukin-6 receptor binding / tumor necrosis factor binding / positive regulation of T cell chemotaxis / TNF signaling / germinal center formation / Regulated proteolysis of p75NTR / Release of Hh-Np from the secreting cell / commissural neuron axon guidance / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / neutrophil mediated immunity / wound healing, spreading of epidermal cells / Notch binding / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of leukocyte chemotaxis / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion mediated by integrin / Signaling by EGFR / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / Collagen degradation / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of chemokine production / Nuclear signaling by ERBB4 / Notch signaling pathway / spleen development / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / B cell differentiation / PDZ domain binding / cell motility / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein processing / metalloendopeptidase activity / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / SH3 domain binding / metallopeptidase activity / actin cytoskeleton / integrin binding / peptidase activity / T cell differentiation in thymus / positive regulation of cell growth / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / cell adhesion / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / proteolysis / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Metallo-peptidase family M12 / ADAM17, membrane-proximal domain / Membrane-proximal domain, switch, for ADAM17 / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily ...Metallo-peptidase family M12 / ADAM17, membrane-proximal domain / Membrane-proximal domain, switch, for ADAM17 / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,N(D,L-[2-(HYDROXYAMINO-CARBONYL)METHYL]-4-METHYL PENTANOYL)L-3-(TERT-BUTYL)GLYCYL-L-ALANINE / Chem-INN / ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-Z59 / Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Orth, P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: The discovery of novel tartrate-based TNF-alpha converting enzyme (TACE) inhibitors.
著者: Rosner, K.E. / Guo, Z. / Orth, P. / Shipps, G.W. / Belanger, D.B. / Chan, T.Y. / Curran, P.J. / Dai, C. / Deng, Y. / Girijavallabhan, V.M. / Hong, L. / Lavey, B.J. / Lee, J.F. / Li, D. / Liu, ...著者: Rosner, K.E. / Guo, Z. / Orth, P. / Shipps, G.W. / Belanger, D.B. / Chan, T.Y. / Curran, P.J. / Dai, C. / Deng, Y. / Girijavallabhan, V.M. / Hong, L. / Lavey, B.J. / Lee, J.F. / Li, D. / Liu, Z. / Popovici-Muller, J. / Ting, P.C. / Vaccaro, H. / Wang, L. / Wang, T. / Yu, W. / Zhou, G. / Niu, X. / Sun, J. / Kozlowski, J.A. / Lundell, D.J. / Madison, V. / McKittrick, B. / Piwinski, J.J. / Shih, N.Y. / Arshad Siddiqui, M. / Strickland, C.O.
履歴
登録2009年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22013年2月27日Group: Other
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF-alpha-converting enzyme
B: TNF-alpha-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1197
ポリマ－61,1382
非ポリマー9815
水5,386299
1
A: TNF-alpha-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1104
ポリマ－30,5691
非ポリマー5413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TNF-alpha-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0093
ポリマ－30,5691
非ポリマー4402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.485, 76.213, 104.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TNF-alpha-converting enzyme / ADAM 17 / Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17 / TNF-alpha convertase / ...ADAM 17 / Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17 / TNF-alpha convertase / Snake venom-like protease


分子量: 30569.135 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 215-476 / 変異: S266A, V353G, Q452N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAM17, CSVP, TACE / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P78536, ADAM 17 endopeptidase

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非ポリマー , 5種, 304分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-INN / N-{(2R)-2-[2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]-4-methylpentanoyl}-3-methyl-L-valyl-N-(2-aminoethyl)-L-alaninamide / イムネックス化合物1


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 415.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H37N5O5
参照: 3,N(D,L-[2-(HYDROXYAMINO-CARBONYL)METHYL]-4-METHYL PENTANOYL)L-3-(TERT-BUTYL)GLYCYL-L-ALANINE
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-Z59 / (2R,3R)-2,3-dihydroxy-4-oxo-4-[(2R)-2-phenylpyrrolidin-1-yl]-N-(thiophen-2-ylmethyl)butanamide


分子量: 374.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N2O4S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 15% PEG 6000, 10% 2-Propanol, 100 mM sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月3日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 49397 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 33.64 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER2.9.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BKC

1bkc


解像度: 1.85→27.09 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2246 955 1.94 %RANDOM
Rwork0.1997 ---
obs-49216 --
原子変位パラメータBiso mean: 36.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1815 Å20 Å20 Å2
2--1.2736 Å20 Å2
3---2.9078 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.234 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3883 0 61 299 4243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.03
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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