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- PDB-3hvn: Crystal structure of cytotoxin protein suilysin from Streptococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hvn
タイトルCrystal structure of cytotoxin protein suilysin from Streptococcus suis
要素Hemolysin
キーワードTOXIN / beta-strand rich / elongated rod like / pore forming
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis in another organism / cholesterol binding / : / toxin activity / membrane => GO:0016020 / host cell plasma membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A - #20 / Perfringolysin / HIV-1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 3 / Thiol-activated cytolysin superfamily/Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain / Perfringolysin, domain 4 / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin ...Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A - #20 / Perfringolysin / HIV-1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 3 / Thiol-activated cytolysin superfamily/Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain / Perfringolysin, domain 4 / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / Glutaredoxin / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus suis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.852 Å
データ登録者Xu, L. / Huang, B. / Du, H. / Zhang, C.X. / Xu, J. / Li, X. / Rao, Z.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of cytotoxin protein suilysin from Streptococcus suis.
著者: Xu, L. / Huang, B. / Du, H. / Zhang, X.C. / Xu, J. / Li, X. / Rao, Z.
履歴
登録2009年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年1月1日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4173
ポリマ－56,1011
非ポリマー3162
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.720, 95.720, 117.046
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Hemolysin / Suilysin


分子量: 56101.219 Da / 分子数: 1 / 変異: P353L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus suis (バクテリア) / 株: 05ZYH33 / 遺伝子: sly / プラスミド: pGEX 6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q55996, UniProt: A4VW80*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CFH / 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol / 1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノ-ル


分子量: 168.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2F6O
#3: 化合物 ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 148.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細HTO IS 1,2,3-HEPTANETRIOL ISOMER H.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)Mosaicity (°)
12.7655.420.411
2
結晶化温度: 289 K / pH: 7
詳細: 8% polyethylene glycol (PEG)3350, 0.12M sodium citrate (pH7.0), 5% 1,2,3-heptanetriol isomer H, 2% 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol, temperature 289K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11701
21702
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A20.97866, 0.97934, 0.96410
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年10月27日
ADSC QUANTUM 2702CCD2008年12月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.978661
30.979341
40.96411
Reflection冗長度: 9.5 % / Av σ(I) over netI: 30.36 / 数: 122778 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 2.33 / D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 12949 / % possible obs: 98.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.46509710.0687.9727.7
5.136.4610010.0714.1129.9
4.485.1399.710.072.99910.3
4.074.4899.910.0722.07610.5
3.784.0710010.0941.5110.8
3.563.7810010.1261.4459.8
3.383.5610010.1611.03610.9
3.233.3810010.2210.88310.1
3.113.2398.710.30.7438.3
33.1186.610.3220.7746.2
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 13204 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 30.364
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.85-2.955.60.3169680.86466.4
2.95-3.075.80.23312340.92683.7
3.07-3.215.80.17113181.02690.8
3.21-3.385.70.10713961.18694.3
3.38-3.595.80.07513751.1593.9
3.59-3.875.70.06314001.02193.8
3.87-4.265.70.05213770.98593.5
4.26-4.875.80.04414001.10992.4
4.87-6.145.80.04113581.06290.2
6.14-505.60.04313780.93185.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.852→28.409 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.74 / σ(F): 0.16 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 637 5.03 %
Rwork0.279 --
obs0.28 12653 85.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 91.358 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 291.42 Å2 / Biso mean: 131.101 Å2 / Biso min: 31.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.282 Å20 Å2-0 Å2
2--11.282 Å20 Å2
3----36.063 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.852→28.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3648 0 20 7 3675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4755095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4251330
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.852-3.0720.4561040.3951818192266
3.072-3.3810.361220.3492423254587
3.381-3.8690.3151530.3012568272192
3.869-4.8710.2491330.2492616274992
4.871-28.410.261250.2482591271688
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.1165-1.23950.3640.09160.06840.2345-0.3704-0.16620.2677-0.15030.3026-0.1468-0.5173-0.14810.00010.6120.2775-0.0950.92250.09750.618323.013432.587332.234
20.5550.5689-0.54510.72730.58283.9984-0.1246-0.1218-0.00190.0253-0.2298-0.0744-0.3116-1.039-0.13760.22910.23710.04141.0957-0.16990.55286.026626.03636.4943
3-0.2212-0.1971-0.7916-0.84981.27772.1017-0.28190.05620.15040.3414-0.28620.09830.2098-0.381-00.71570.14740.1120.79740.06920.590615.710719.57444.2571
4-0.6957-0.3953-2.05653.8224-0.31555.58610.230.25450.0422-0.09440.12130.18310.8653-0.23851.66670.3706-0.07150.01530.3596-0.06770.385766.09997.497549.1041
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A, 32-94A32 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2chain A, 95-291A95 - 291
3X-RAY DIFFRACTION3chain A, 292-383A292 - 383
4X-RAY DIFFRACTION4chain A, 384-499A384 - 499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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