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- PDB-3gd7: Crystal structure of human NBD2 complexed with N6-Phenylethyl-ATP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gd7
タイトルCrystal structure of human NBD2 complexed with N6-Phenylethyl-ATP (P-ATP)
要素Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371
キーワードHYDROLASE / CFTR / ABC transporter / nucleotide binding domain / NBD / ATP / P-ATP / N6-Phenylethyl-ATP / ATP-binding / Chloride channel / Ion transport / Ionic channel / Transport / Cell inner membrane / Cell membrane / Sugar transport
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / : / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity ...ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / : / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / amelogenesis / intracellular pH elevation / chloride channel inhibitor activity / : / multicellular organismal-level water homeostasis / Golgi-associated vesicle membrane / cholesterol transport / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / membrane hyperpolarization / chloride channel regulator activity / vesicle docking involved in exocytosis / chloride transmembrane transporter activity / cholesterol biosynthetic process / sperm capacitation / maltose transport complex / chloride channel activity / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of exocytosis / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / ABC-type transporter activity / chloride channel complex / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / 14-3-3 protein binding / cellular response to forskolin / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / chloride transmembrane transport / cellular response to cAMP / response to endoplasmic reticulum stress / PDZ domain binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / establishment of localization in cell / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Late endosomal microautophagy / recycling endosome / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / recycling endosome membrane / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / Clathrin-mediated endocytosis / early endosome membrane / DNA-binding transcription factor binding / early endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / apical plasma membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Maltose/Maltodextrin import ATP-binding protein malK family profile. / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / : / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator ...Maltose/Maltodextrin import ATP-binding protein malK family profile. / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / : / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B44 / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Atwell, S. / Antonysamy, S. / Conners, K. / Emtage, S. / Gheyi, T. / Lewis, H.A. / Lu, F. / Sauder, J.M. / Wasserman, S.R. / Zhao, X.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human NBD2 complexed with N6-Phenylethyl-ATP (P-ATP)
著者: Atwell, S. / Antonysamy, S. / Guggino, W.B. / Conners, K. / Emtage, S. / Gheyi, T. / Hunt, J.F. / Lewis, H.A. / Lu, F. / Sauder, J.M. / Weber, P.C. / Wetmore, D. / Zhao, X.
履歴
登録2009年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371
B: Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371
C: Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371
D: Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,5208
ポリマ－174,0754
非ポリマー2,4454
水4,576254
1
D: Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1302
ポリマ－43,5191
非ポリマー6111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1302
ポリマ－43,5191
非ポリマー6111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1302
ポリマ－43,5191
非ポリマー6111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1302
ポリマ－43,5191
非ポリマー6111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7740 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area63650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.837, 173.725, 82.574
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371 / CFTR / cAMP-dependent chloride channel / ATP-binding cassette transporter sub-family C member 7


分子量: 43518.781 Da / 分子数: 4
変異: Q1280E, Y1307N, E1308A, Q1309A, W1310H, H1402A, Q1411D
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
遺伝子: CFTR,malK / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL with chaperone coexpression
参照: UniProt: P13569, UniProt: P68187
#2: 化合物
ChemComp-B44 / N-(2-phenylethyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)


分子量: 611.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24N5O13P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1.1-1.25 M tri-sodium citrate, pH 5.5-8, sitting drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION
PH範囲: 5.5-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→54 Å / Num. obs: 55240 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 7974 / Rsym value: 0.566 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
d*TREKデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q12

1q12


解像度: 2.7→54 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.308 2768 RANDOM
Rwork0.247 --
obs-55240 -
原子変位パラメータBiso max: 106.7 Å2 / Biso mean: 59.261 Å2 / Biso min: 19.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11424 0 156 254 11834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02211820
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9481.97916118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.67451501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.5622.257491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.715151873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9371571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21867

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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