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万見
- PDB-3fli: Discovery of XL335, a Highly Potent, Selective and Orally-Active ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fli
タイトルDiscovery of XL335, a Highly Potent, Selective and Orally-Active Agonist of the Farnesoid X Receptor (FXR)
要素Bile acid receptor
キーワードTRANSCRIPTION / FXR / BAR / NR1H4 / BILE ACID RECEPTOR / NUCLEAR RECEPTOR / LIGAND-BINDING DOMAIN / ALPHA-HELICAL SANDWICH / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / DNA-BINDING / METAL-BINDING / NUCLEUS / REPRESSOR / Activator / Alternative splicing / Receptor / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of urea metabolic process / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / : / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid ...regulation of urea metabolic process / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / : / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production / regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / : / toll-like receptor 9 signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / bile acid metabolic process / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / bile acid binding / cell-cell junction assembly / bile acid signaling pathway / cellular response to fatty acid / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of cholesterol metabolic process / positive regulation of interleukin-17 production / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts / fatty acid homeostasis / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Recycling of bile acids and salts / Notch signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / transcription coregulator binding / cholesterol homeostasis / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / PPARA activates gene expression / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to lipopolysaccharide / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / innate immune response / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-33Y / Bile acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Foster, P.G. / Stout, T.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Discovery of XL335 (WAY-362450), a highly potent, selective, and orally active agonist of the farnesoid X receptor (FXR).
著者: Flatt, B. / Martin, R. / Wang, T.L. / Mahaney, P. / Murphy, B. / Gu, X.H. / Foster, P. / Li, J. / Pircher, P. / Petrowski, M. / Schulman, I. / Westin, S. / Wrobel, J. / Yan, G. / Bischoff, E. ...著者: Flatt, B. / Martin, R. / Wang, T.L. / Mahaney, P. / Murphy, B. / Gu, X.H. / Foster, P. / Li, J. / Pircher, P. / Petrowski, M. / Schulman, I. / Westin, S. / Wrobel, J. / Yan, G. / Bischoff, E. / Daige, C. / Mohan, R.
履歴
登録2008年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile acid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3852
ポリマ－26,9471
非ポリマー4381
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.519, 66.519, 125.434
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Bile acid receptor / Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H ...Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4 / Retinoid X receptor-interacting protein 14 / RXR-interacting protein 14


分子量: 26946.918 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAR, FXR, HRR1, NR1H4, RIP14 / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q96RI1
#2: 化合物 ChemComp-33Y / 1-methylethyl 3-[(3,4-difluorophenyl)carbonyl]-1,1-dimethyl-1,2,3,6-tetrahydroazepino[4,5-b]indole-5-carboxylate / WAY-362450


分子量: 438.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24F2N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22% PEG4K, 150 mM sodium acetate, 75 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月18日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→66.519 Å / Num. obs: 19746 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→58.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.295 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24254 978 5.1 %RANDOM
Rwork0.19011 ---
obs0.19279 18017 96.2 %-
all-19746 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.425 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→58.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1797 0 32 223 2052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221868
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6631.9892528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95133985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7685219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.08425.11488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60715347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.121158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.21716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2910
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2994
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1990.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2920.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1911.51462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2481.5440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38421797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3123886
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3084.5731
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 66 -
Rwork0.225 1224 -
obs--91.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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