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- PDB-3eqc: X-ray structure of the human mitogen-activated protein kinase kin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eqc
タイトルX-ray structure of the human mitogen-activated protein kinase kinase 1 (MEK1) in a ternary complex with compound 1, ATP-GS AND MG2P
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / MEK1 KINASE / ATP-binding / Disease mutation / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / MAPキナーゼキナーゼ / type B pancreatic cell proliferation / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / cerebellar cortex formation / Signaling by MAP2K mutants ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / MAPキナーゼキナーゼ / type B pancreatic cell proliferation / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / cerebellar cortex formation / Signaling by MAP2K mutants / regulation of Golgi inheritance / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / positive regulation of axonogenesis / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / protein kinase activator activity / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / endodermal cell differentiation / face development / MAPK3 (ERK1) activation / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / Schwann cell development / keratinocyte differentiation / ERK1 and ERK2 cascade / 髄鞘 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein serine/threonine kinase activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / Signal transduction by L1 / 運動性 / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / neuron differentiation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / 走化性 / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / 細胞老化 / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome / heart development / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / エンドソーム / protein kinase activity / negative regulation of cell population proliferation / protein phosphorylation / focal adhesion / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 / 小胞体 / シグナル伝達 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3BM / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fischmann, T.O.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of MEK1 Binary and Ternary Complexes with Nucleotides and Inhibitors.
著者: Fischmann, T.O. / Smith, C.K. / Mayhood, T.W. / Myers, J.E. / Reichert, P. / Mannarino, A. / Carr, D. / Zhu, H. / Wong, J. / Yang, R.S. / Le, H.V. / Madison, V.S.
履歴
登録2008年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2226
ポリマ－40,1131
非ポリマー1,1095
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子

A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,44512
ポリマ－80,2262
非ポリマー2,21910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area3170 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area28770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.220, 77.220, 222.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-572-

HOH

21A-573-

HOH

31A-576-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MAP kinase kinase 1 / MAPKK 1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK1


分子量: 40113.215 Da / 分子数: 1 / 断片: Protein kinase domain, UNP residues 35-393 / 変異: S265N, S266K, Y267F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1 / 参照: UniProt: Q02750, MAPキナーゼキナーゼ

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非ポリマー , 6種, 189分子

#2: 化合物 ChemComp-3BM / 2-[(2-chloro-4-iodophenyl)amino]-N-{[(2R)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}-3,4-difluorobenzamide


分子量: 498.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14ClF2IN2O4
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.37 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M TRIS-CL, pH 8.0; 18% PEG 4000; 0.2M CALCIUM CHLORIDE; 3% DMSO, VAPOR DIFFUSION HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 38811 / % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.830.65618130.958199.5
1.83-1.860.58918050.966199.4
1.86-1.90.48417990.998199.6
1.9-1.940.4318261.093199.7
1.94-1.980.30418440.987199.7
1.98-2.030.21818200.949199.7
2.03-2.080.19818271.033199.7
2.08-2.130.15818250.928199.9
2.13-2.20.13218450.956199.8
2.2-2.270.12218401.032199.8
2.27-2.350.09218380.929199.8
2.35-2.440.08318400.922199.9
2.44-2.550.07418560.9331100
2.55-2.690.06318590.931199.8
2.69-2.860.05618780.927199.9
2.86-3.080.04718840.889199.9
3.08-3.390.04118960.857199.9
3.39-3.880.03619010.837198.4
3.88-4.880.03319110.778197.6
4.88-500.03519850.869192.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
BUSTER-TNT2.1.1精密化
精密化解像度: 1.8→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1818 4.91 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 38811 98.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.975 Å20 Å20 Å2
2---5.975 Å20 Å2
3---11.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2438 0 60 184 2682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0125512
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.17534272
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.9525320
X-RAY DIFFRACTIONIMPROPER ANGLES (DEGREES)
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.01752
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0173605
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.856255120
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.042305
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 272 4.72 %
Rwork0.241 5494 -
all0.243 5766 -
obs--98.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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