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- PDB-3enz: Arsenolytic structure of Plasmodium falciparum purine nucleoside ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3enz | |||||||||
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Title | Arsenolytic structure of Plasmodium falciparum purine nucleoside phosphorylase with hypoxanthine, ribose and arsenate ion | |||||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / CATALYTICALLY-RELEVANT ARSENOLYTIC-INTERMEDIATE-STATE COMPLEX / Glycosyltransferase | |||||||||
Function / homology | ![]() Pyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / inosine catabolic process / uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase ...Pyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / inosine catabolic process / uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chaikuad, A. / Brady, R.L. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Conservation of structure and activity in Plasmodium purine nucleoside phosphorylases. Authors: Chaikuad, A. / Brady, R.L. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 301.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 247.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3emvC ![]() 1nw4S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Details | The hexamer in the asymmetric unit represents the biological unit. |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 12 molecules ABCDEF![](data/chem/img/R1X.gif)
![](data/chem/img/R1X.gif)
#1: Protein | Mass: 27962.311 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 3D7 / Gene: PFE0660c / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q8I3X4, purine-nucleoside phosphorylase #3: Sugar | ChemComp-R1X / |
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-Non-polymers , 5 types, 599 molecules ![](data/chem/img/HPA.gif)
![](data/chem/img/ART.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ART.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-HPA / #4: Chemical | ChemComp-ART / #5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Chemical | ChemComp-NA / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 4.0M Sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 5, 2007 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(III) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.196 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.03→145.86 Å / Num. all: 129248 / Num. obs: 129248 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 18.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.03→2.1 Å / Redundancy: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.556 / % possible all: 99.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1NW4 Resolution: 2.03→145.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.408 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.125 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.879 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.03→145.86 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Auth asym-ID: A / Number: 144 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0 Å
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LS refinement shell | Resolution: 2.03→2.082 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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