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万見
- PDB-3dsz: Engineered human lipocalin 2 in complex with Y-DTPA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dsz
タイトルEngineered human lipocalin 2 in complex with Y-DTPA
要素engineered human lipocalin 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / protein design / ligand binding protein / beta barrel / engineered lipocalin / de novo protein / protein binding
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LIZ / YTTRIUM (III) ION / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Eichinger, A. / Skerra, A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: High-affinity recognition of lanthanide(III) chelate complexes by a reprogrammed human lipocalin 2
著者: Kim, H.J. / Eichinger, A. / Skerra, A.
履歴
登録2008年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: engineered human lipocalin 2
B: engineered human lipocalin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2986
ポリマ－42,6882
非ポリマー1,6094
水5,909328
1
A: engineered human lipocalin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1493
ポリマ－21,3441
非ポリマー8052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: engineered human lipocalin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1493
ポリマ－21,3441
非ポリマー8052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.350, 82.350, 115.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 engineered human lipocalin 2 / neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / siderocalin


分子量: 21344.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, variant Tb7.N9 / プラスミド: pNGAL15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P80188*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-LIZ / N-{(1S,2S)-2-[bis(carboxymethyl)amino]cyclohexyl}-N-{(2R)-2-[bis(carboxymethyl)amino]-3-[4-({[2-hydroxy-1,1-bis(hydroxymethyl)ethyl]carbamothioyl}amino)phenyl]propyl}glycine


分子量: 715.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H45N5O13S
#3: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 22% polyethylene glycol 3350, 0.1M Bistris/HCl, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→66.979 Å / Num. obs: 26827 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 3813 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 97.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.423 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.579
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å38.78 Å
Translation3 Å38.78 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.864 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1347 4.9 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all-27437 --
obs-26807 97.7 %-
溶媒の処理Bsol: 56.905 Å2
原子変位パラメータBiso max: 81.5 Å2 / Biso mean: 27.759 Å2 / Biso min: 11.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.184 Å20 Å20 Å2
2--2.184 Å20 Å2
3----4.367 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2788 0 100 328 3216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1722
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1872
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3312.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3DTPA-Tris-noY.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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