ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.2.0019精密化 | CBASS | | データ収集 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | REFMAC | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 3DIL 解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU ML: 0.264 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: tls / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.21132 | 688 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.17797 | - | - | - |
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all | 0.17966 | 13578 | - | - |
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obs | 0.17966 | 12823 | 94.44 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.264 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 3760 | 25 | 11 | 3796 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.007 | 0.021 | 4220 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.345 | 3 | 6583 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.004 | 0.02 | 1843 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.158 | 0.2 | 1481 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbtor_refined0.269 | 0.2 | 2571 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.14 | 0.2 | 131 | X-RAY DIFFRACTION | r_metal_ion_refined0.152 | 0.2 | 1 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.166 | 0.2 | 24 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.249 | 0.2 | 8 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.974 Å / Rfactor Rfree error: 0.346 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.452 | 36 | - |
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Rwork | 0.37 | 793 | - |
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obs | - | 1009 | 82.16 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 4.0228 | 2.6166 | 0.3586 | 7.4858 | -0.2921 | 3.9367 | 0.1809 | 0.3891 | -0.0901 | -0.6788 | 0.1452 | -0.0017 | 0.6675 | -0.1759 | -0.3261 | -0.0985 | 0.063 | -0.0852 | -0.1111 | 0.0569 | -0.1635 | 29.971 | -1.94 | 19.092 | 2 | 1.5086 | -0.0398 | 0.6617 | 0.6686 | 0.5106 | 1.5506 | -0.2008 | 0.2212 | 0.7337 | -0.1866 | -0.0914 | -0.0394 | -0.6041 | -0.4139 | 0.2922 | 0.0533 | 0.1751 | -0.0424 | 0.0852 | 0.1176 | 0.2408 | 7.467 | 47.207 | 21.381 | 3 | 4.4128 | -1.1184 | 1.9801 | 0.472 | -1.0703 | 2.6018 | 0.0673 | 0.436 | -0.0513 | -0.0836 | -0.189 | 0.3312 | -0.3501 | -0.067 | 0.1217 | -0.0197 | 0.181 | -0.1764 | -0.0499 | -0.0108 | 0.0976 | 9.071 | 27.151 | 11.339 | 4 | 6.952 | -5.13 | 0.7134 | 5.5347 | -0.0561 | 1.0581 | 0.3926 | 0.3998 | 0.8504 | -0.5336 | -0.2969 | -0.6082 | -0.4967 | 0.0328 | -0.0958 | -0.023 | 0.0757 | -0.0563 | -0.0514 | 0.0942 | 0.0508 | 30.204 | 33.644 | 15.519 | 5 | 12.3002 | 3.1476 | -2.2739 | 2.4438 | 0.6358 | 1.3254 | -0.264 | -0.3562 | -0.8673 | 0.3639 | -0.0779 | -0.572 | 0.452 | 0.2165 | 0.3419 | -0.0709 | 0.1724 | -0.0828 | 0.0362 | 0.0718 | 0.1834 | 51.078 | 8.55 | 16.052 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Label asym-ID | Auth seq-ID | Label seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | AA1 - 11 | 1 - 11 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | AA163 - 174 | 163 - 174 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | AA12 - 79 | 12 - 79 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | AA80 - 113 | 80 - 113 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | AA114 - 140 | 114 - 140 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | 5 | AA141 - 162 | 141 - 162 | | | | | | | | | | | | |
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