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- PDB-3ddu: Prolyl Oligopeptidase with GSK552 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ddu
タイトルProlyl Oligopeptidase with GSK552
要素Prolyl endopeptidase
キーワードHYDROLASE / POP / Prolyl Oligopeptidase / endopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


prolyl oligopeptidase / oligopeptidase activity / serine-type peptidase activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-552 / ACETATE ION / Prolyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Madauss, K.P. / Reid, R.A. / Haffner, C.D. / Miller, A.B.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Pyrrolidinyl pyridone and pyrazinone analogues as potent inhibitors of prolyl oligopeptidase (POP)
著者: Haffner, C.D. / Diaz, C.J. / Miller, A.B. / Reid, R.A. / Madauss, K.P. / Hassell, A. / Hanlon, M.H. / Porter, D.J. / Becherer, J.D. / Carter, L.H.
履歴
登録2008年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4558
ポリマ－80,6781
非ポリマー7777
水22,2311234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.221, 99.883, 111.853
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Prolyl endopeptidase / E.C.3.4.21.26 / Prolyl Oligopeptidase / Post-proline cleaving enzyme / PE


分子量: 80678.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PREP, PEP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48147, prolyl oligopeptidase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-552 / (6S)-1-chloro-3-[(4-fluorobenzyl)oxy]-6-(pyrrolidin-1-ylcarbonyl)pyrrolo[1,2-a]pyrazin-4(6H)-one


分子量: 389.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17ClFN3O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0 .2M NaoAc 4.6, 9% Peg 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→50 Å / Num. obs: 113251 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 42.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.56-1.626.90.064112261.195199.4
1.62-1.687.30.06112521.2371100
1.68-1.767.40.052112701.1791100
1.76-1.857.40.045113191.1141100
1.85-1.977.40.039113111.111100
1.97-2.127.40.035113521.0481100
2.12-2.337.40.032113851.0111100
2.33-2.677.40.029114350.9381100
2.67-3.367.20.027114820.859199.8
3.36-506.50.026112190.786194.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.92 Å
Translation2.5 Å19.92 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0006精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
StructureStudioデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 0.952 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 8217 7.3 %RANDOM
Rwork0.147 ---
obs0.149 113121 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.079 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5625 0 52 1234 6911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225866
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.9567958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87939604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0625710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.90824.152277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.95715950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7521525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021229
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21105
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.24247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.22867
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22915
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2884
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8271.53747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1681.51444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15325702
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0432615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8224.52256
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.181 586 -
Rwork0.137 7624 -
all-8210 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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