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- PDB-3cw8: 4-Chlorobenzoyl-CoA Ligase/Synthetase, bound to 4CBA-Adenylate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cw8
タイトル4-Chlorobenzoyl-CoA Ligase/Synthetase, bound to 4CBA-Adenylate
要素4-chlorobenzoyl CoA ligase
キーワードLIGASE / Adenylate-forming enzymes / Acyl-CoA ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty acid metabolic process / nucleotide binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase ...Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-00A / 4-chlorobenzoyl CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Reger, A.S. / Cao, J. / Wu, R. / Dunaway-Mariano, D. / Gulick, A.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural characterization of a 140 degrees domain movement in the two-step reaction catalyzed by 4-chlorobenzoate:CoA ligase.
著者: Reger, A.S. / Wu, R. / Dunaway-Mariano, D. / Gulick, A.M.
#1: ジャーナル: To be Published / 年: 2008
タイトル: Mechanism of 4-Chlorobenzoate: Coenzyme A Ligase Catalysis
著者: Wu, R. / Cao, J. / Lu, X. / Reger, A.S. / Gulick, A.M. / Dunaway-Mariano, D.
履歴
登録2008年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 4-chlorobenzoyl CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1306
ポリマ－54,3961
非ポリマー7345
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.583, 128.583, 72.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 4-chlorobenzoyl CoA ligase / E.C.6.2.1.33 / Chlorobenzoate CoA Ligase/Synthetase


分子量: 54396.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alcaligenes sp. (バクテリア) / 株: AL3007 / プラスミド: pQE-70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q8GN86*PLUS, EC: 6.2.1.33
#2: 化合物 ChemComp-00A / 5'-O-[(S)-{[(4-chlorophenyl)carbonyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]adenosine


分子量: 485.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17ClN5O8P
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IN THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE SEQUENCE FROM GB ENTRY AAN10109.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16-24% pentaerythritol propoxylate 426, .1 M K+HEPES, 1 mM ATP, 1 mM 4CBA, pH 6.5-6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→15 Å / Num. all: 32168 / Num. obs: 30548 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 60.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1904 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T5D

1t5d


解像度: 2.25→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 11.005 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25764 1608 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.19895 32168 --
obs0.19895 30548 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.16 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3723 0 48 135 3906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.9795246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2665501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.38522.949156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15415584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2131535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22614
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7071.52556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20723994
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.93731446
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0224.51251
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.307 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 96 -
Rwork0.257 1904 -
obs--84.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8211-1.0174-0.11762.301-0.05972.0702-0.0315-0.6968-0.2907-0.05110.17210.6290.0349-0.5915-0.1406-0.25380.0177-0.07050.13610.0866-0.02092.340343.62317.4905
22.2903-0.7243-0.9537.14980.3646.34590.0588-0.24130.5135-0.4849-0.1067-0.2285-0.7771-0.29290.048-0.05310.0873-0.0722-0.2621-0.063-0.021116.281564.3641-2.6276
30.996-1.48720.98472.869-1.73331.08020.55070.34-0.1123-0.8383-0.38670.18520.50250.2699-0.16410.19360.1784-0.1648-0.0418-0.0223-0.13578.478251.0446-23.4619
49.38570.5455-7.45645.5967-8.950318.95810.0215-0.2546-0.9751-0.27180.49630.86260.8442-0.7977-0.5178-0.0536-0.0965-0.1867-0.20920.09370.0371-7.507460.8388-22.4905
5102.377820.152912.93723.438142.453783.4272.044-0.39620.18441.87430.31380.95131.9244-3.6444-2.3578-0.01940.049-0.06890.0073-0.0212-0.01288.611249.5513-12.1254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1XA1 - 2031 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2XA231 - 301231 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3XA302 - 477302 - 477
4X-RAY DIFFRACTION4XA478 - 502478 - 502
5X-RAY DIFFRACTION5XB909

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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