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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bk0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase Complexed with 5-CN-UMP | ||||||
要素 | Uridine 5'-monophosphate synthase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / UMP Synthase / C-terminal Domain (C末端) / Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase / Human (ヒト) / 5-CN-UMP / Disease mutation / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / Multifunctional enzyme / Pyrimidine biosynthesis / Transferase (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / 授乳 / female pregnancy / cellular response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Y. / Tang, H.L. / Avina, M.E.M. / Kotra, L.P. / Pai, E.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Human Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase Complexed with 5-CN-UMP 著者: Liu, Y. / Tang, H.L. / Avina, M.E.M. / Kotra, L.P. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bk0.cif.gz | 122.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bk0.ent.gz | 94.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bk0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/3bk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/3bk0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2p1fS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30472.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UMPS / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: P11172, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: Ammonium Sulfate, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月15日 詳細: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 58529 / Num. obs: 58523 / % possible obs: 78.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 1607 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 21.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2P1F 解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.785 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.348 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.632 Å / Total num. of bins used: 20
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