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万見
- PDB-3b6z: Lovastatin polyketide enoyl reductase (LovC) complexed with 2'-ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b6z
タイトルLovastatin polyketide enoyl reductase (LovC) complexed with 2'-phosphoadenosyl isomer of crotonoyl-CoA
要素Enoyl reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / medium-chain reductase / rossmann fold / NADP-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lovastatin nonaketide synthase / lovastatin nonaketide synthase activity / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / polyketide biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NADPH binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CO7 / Lovastatin nonaketide synthase, enoyl reductase component lovC
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus terreus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Ames, B.D. / Smith, P.T. / Ma, S.M. / Wong, E.W. / Xie, X. / Vederas, J.C. / Tang, Y. / Tsai, S.-C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Crystal structure and biochemical studies of the trans-acting polyketide enoyl reductase LovC from lovastatin biosynthesis.
著者: Ames, B.D. / Nguyen, C. / Bruegger, J. / Smith, P. / Xu, W. / Ma, S. / Wong, E. / Wong, S. / Xie, X. / Li, J.W. / Vederas, J.C. / Tang, Y. / Tsai, S.C.
履歴
登録2007年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年7月11日Group: Database references
改定 1.32013年1月9日Group: Database references
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5513
ポリマ－40,6231
非ポリマー9282
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.334, 54.867, 171.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The one molecule in the asymmetric unit constitutes the biological assembly.

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要素

#1: タンパク質 Enoyl reductase


分子量: 40622.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: lovC / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y7D0
#2: 化合物 ChemComp-CO7 / S-{(9R,13R,15S)-17-[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3-hydroxy-4-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-9,13,15-trihydroxy-10,10-dimethyl-13,15-dioxido-4,8-dioxo-12,14,16-trioxa-3,7-diaza-13,15-diphosphaheptadec-1-yl}(2E)-but-2-enethioate


分子量: 835.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 24% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M NaCl, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.211
シンクロトロンALS 5.0.220.9803, 0.9806, 0.9184
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年9月9日mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年10月11日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.98031
30.98061
40.91841
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. all: 32881 / Num. obs: 31043 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2454 / Rsym value: 0.453 / % possible all: 71.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.88→39.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.939 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.545 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3115 10 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all0.176 34424 --
obs-30999 90.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→39.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2706 0 59 220 2985
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6181.983878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0395350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.88723.193119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.35315423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7391521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022181
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21930
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3170.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.351.51800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08522842
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.45231188
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.134.51036
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.928 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 119 -
Rwork0.208 1138 -
obs-1257 66.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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