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万見
- PDB-3b69: T cruzi Trans-sialidase complex with benzoylated NANA derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b69
タイトルT cruzi Trans-sialidase complex with benzoylated NANA derivative
要素Trans-sialidase
キーワードHYDROLASE / beta-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / exo-alpha-sialidase activity / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trans-sialidase, C-terminal domain / Trypanosome sialidase / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Jelly Rolls - #200 ...Trans-sialidase, C-terminal domain / Trypanosome sialidase / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BFN / Trans-sialidase / Trans-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2008
タイトル: A new generation of specific Trypanosoma cruzi trans-sialidase inhibitors.
著者: Buchini, S. / Buschiazzo, A. / Withers, S.G.
履歴
登録2007年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE AUTHORS INDICATE THAT THE SEQUENCE IN THE DATABASE IS INCORRECT

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trans-sialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0934
ポリマ－71,3891
非ポリマー7043
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.430, 129.200, 54.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Trans-sialidase


分子量: 71389.258 Da / 分子数: 1 / 変異: N59F, S496K, V497G, E521K, D594G, I598D, H600R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
プラスミド: pTrcHisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
参照: UniProt: Q26966, UniProt: Q26964*PLUS, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 糖 ChemComp-BFN / 5-acetamido-9-(benzoylamino)-3,5,9-trideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid / 5-(acetylamino)-9-(benzoylamino)-3,5,9-trideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid / 5-acetamido-9-(benzoylamino)-3,5,9-trideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulosonic acid / 5-acetamido-9-(benzoylamino)-3,5,9-trideoxy-3-fluoro-D-erythro-L-manno-non-2-ulosonic acid / 5-acetamido-9-(benzoylamino)-3,5,9-trideoxy-3-fluoro-D-erythro-manno-non-2-ulosonic acid


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 430.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23FN2O9
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG4000, 5% isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月8日 / 詳細: VarimaxHF mirrors
放射モノクロメーター: confocal multilayer mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: l,-k,h / Fraction: 0.33
反射解像度: 1.67→64.599 Å / Num. all: 76475 / Num. obs: 76475 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.67-1.762.10.2453.11938791100.24574.6
1.76-1.862.10.1574.821515103420.15790.5
1.86-1.9920.1017.320662100870.10193.7
1.99-2.152.10.06311.51985596330.06395.6
2.15-2.362.10.04715.11905889370.04796.5
2.36-2.632.20.03618.81795681540.03697.6
2.63-3.042.30.02823.71650672940.02898.3
3.04-3.732.30.02327.61401961490.02398.3
3.73-5.272.20.02321007045280.0293.3
5.27-20.842.20.0233.4504122410.0283.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.356 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.631 / Cor.coef. Io to Ic: 0.601
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å15 Å
Translation3 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AH2

2ah2


解像度: 1.67→50 Å / Isotropic thermal model: restrained isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3334 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Refinement was performed with the least squares target for hemihedrally twinned structures, as implemented in CNS v1.2 (twin operator l,-k,h; twin fraction 0.33)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 2149 2.6 %random, the twin operator (l,-k,h) was taken into account to keep the same test flag for the twin pairs
Rwork0.147 ---
all0.147 76475 --
obs0.147 73113 88.2 %-
溶媒の処理Bsol: 52.03 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 26.606 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.021 Å20 Å24.853 Å2
2---3.036 Å20 Å2
3---4.057 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4883 0 60 378 5321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6722
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.4262.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.71213
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.75673
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98166
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2bfn.par
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5hepes2.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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