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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3981 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of mammalian RNA polymerase II elongation complex inhibited by Alpha-amanitin | ||||||||||||
マップデータ | Post-processed masked EM map of mammalian RNA polymerase II elongation complex inhibited by %u03B1-amanitin | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex ...: / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / organelle membrane / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II, core complex / core promoter sequence-specific DNA binding / translation initiation factor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / P-body / euchromatin / fibrillar center / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / single-stranded DNA binding / toxin activity / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nuclear speck / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) / synthetic construct (人工物) / Amanita phalloides (タマゴテングタケ) / Pig (ブタ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Liu X / Farnung L / Wigge C / Cramer P | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of a mammalian RNA polymerase II elongation complex inhibited by α-amanitin. 著者: Xiangyang Liu / Lucas Farnung / Christoph Wigge / Patrick Cramer / 要旨: RNA polymerase II (Pol II) is the central enzyme that transcribes eukaryotic protein-coding genes to produce mRNA. The mushroom toxin α-amanitin binds Pol II and inhibits transcription at the step ...RNA polymerase II (Pol II) is the central enzyme that transcribes eukaryotic protein-coding genes to produce mRNA. The mushroom toxin α-amanitin binds Pol II and inhibits transcription at the step of RNA chain elongation. Pol II from yeast binds α-amanitin with micromolar affinity, whereas metazoan Pol II enzymes exhibit nanomolar affinities. Here, we present the high-resolution cryo-EM structure of α-amanitin bound to and inhibited by its natural target, the mammalian Pol II elongation complex. The structure revealed that the toxin is located in a pocket previously identified in yeast Pol II but forms additional contacts with metazoan-specific residues, which explains why its affinity to mammalian Pol II is ∼3000 times higher than for yeast Pol II. Our work provides the structural basis for the inhibition of mammalian Pol II by the natural toxin α-amanitin and highlights that cryo-EM is well suited to studying interactions of a small molecule with its macromolecular target. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3981.map.gz | 7.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3981-v30.xml emd-3981.xml | 38.9 KB 38.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3981_fsc.xml | 9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3981.png | 80.4 KB | ||
マスクデータ | emd_3981_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_3981_half_map_1.map.gz emd_3981_half_map_2.map.gz | 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3981 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3981 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3981_validation.pdf.gz | 431.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3981_full_validation.pdf.gz | 430.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3981_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3981 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3981 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post-processed masked EM map of mammalian RNA polymerase II elongation complex inhibited by %u03B1-amanitin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_3981_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map post-refinement of mammalian RNA polymerase II elongation...
ファイル | emd_3981_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map post-refinement of mammalian RNA polymerase II elongation complex inhibited by %u03B1-amanitin | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map post-refinement of mammalian RNA polymerase II elongation...
ファイル | emd_3981_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map post-refinement of mammalian RNA polymerase II elongation complex inhibited by %u03B1-amanitin | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Mammalian RNA polymerase II elongation complex inhibited by Alpha...
+超分子 #1: Mammalian RNA polymerase II elongation complex inhibited by Alpha...
+超分子 #2: RNA polymerase II elongation complex
+超分子 #3: Nucleic acids
+超分子 #4: Alpha-amanitin
+分子 #1: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1
+分子 #2: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2
+分子 #3: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3
+分子 #4: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3
+分子 #5: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC1
+分子 #6: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC1
+分子 #7: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7
+分子 #8: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC3
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
+分子 #11: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC4
+分子 #12: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC4
+分子 #13: AMATOXIN
+分子 #14: DNA (25-MER)
+分子 #16: DNA (36-MER)
+分子 #15: RNA (5'-R(P*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3')
+分子 #17: ZINC ION
+分子 #18: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.244 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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アライメント法 | Coma free - Residual tilt: 10.0 mrad |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2264 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 53.97 |
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得られたモデル | PDB-6exv: |