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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Orphan receptor GPRC5D in complex with scFv150-18 | |||||||||
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![]() | orphan receptor / GPRC5D complex / scFv / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein kinase activator activity / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / receptor complex / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Yan P / Lin X / Xu F | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: The binding mechanism of an anti-multiple myeloma antibody to the human GPRC5D homodimer. 著者: Pengfei Yan / Xi Lin / Lijie Wu / Lu Xu / Fei Li / Junlin Liu / Fei Xu / ![]() 要旨: GPRC5D is an atypical Class C orphan G protein-coupled receptor. Its high expression on the surface of multiple myeloma cells has rendered it an attractive target for therapeutic interventions, ...GPRC5D is an atypical Class C orphan G protein-coupled receptor. Its high expression on the surface of multiple myeloma cells has rendered it an attractive target for therapeutic interventions, including monoclonal antibodies, CAR-T cells, and T-cell engagers. Despite its therapeutic potential, the insufficient understanding regarding of the receptor's structure and antibody recognition mechanism has impeded the progress of effective therapeutic development. Here, we present the structure of GPRC5D in complex with a preclinical-stage single-chain antibody (scFv). Our structural analysis reveals that the GPRC5D presents a close resemblance to the typical Class C GPCRs in the transmembrane region. We identify a distinct head-to-head homodimer arrangement and interface mainly involving TM4, setting it apart from other Class C homo- or hetero-dimers. Furthermore, we elucidate the binding site engaging a sizable extracellular domain on GPRC5D for scFv recognition. These insights not only unveil the distinctive dimer organization of this unconventional Class C GPCR but also hold the potential to advance drug development targeting GPRC5D for the treatment of multiple myeloma. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 56.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 109.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 884.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 883.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8yzkMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39696_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39696_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of Orphan GPRC5D with scFv150-18
全体 | 名称: Complex of Orphan GPRC5D with scFv150-18 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Orphan GPRC5D with scFv150-18
超分子 | 名称: Complex of Orphan GPRC5D with scFv150-18 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Soluble cytochrome b562,G-protein coupled receptor family C group...
分子 | 名称: Soluble cytochrome b562,G-protein coupled receptor family C group 5 member D タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 47.822062 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAGRAADL EDNWETLNDN LKVIEKADNA AQVKDALTKM RAAALDAQKA TPPKLEDKSP DSPEMKDFR HGFDILVGQI DDALKLANEG KVKEAQAAAE QLKTTRNAYI QKYLMYKDCI ESTGDYFLLC DAEGPWGIIL E SLAILGIV ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAGRAADL EDNWETLNDN LKVIEKADNA AQVKDALTKM RAAALDAQKA TPPKLEDKSP DSPEMKDFR HGFDILVGQI DDALKLANEG KVKEAQAAAE QLKTTRNAYI QKYLMYKDCI ESTGDYFLLC DAEGPWGIIL E SLAILGIV VTILLLLAFL FLMRKIQDCS QWNVLPTQLL FLLSVLGLFG LAFAFIIELN QQTAPVRYFL FGVLFALCFS CL LAHASNL VKLVRGCVSF SWTTILCIAI GCSLLQIIIA TEYVTLIMTR GMMFVNMTPC QLNVDFVVLL VYVLFLMALT FFV SKATFC GPCENWKQHG RLIFITVLFS IIIWVVWISM LLRGNPQFQR QPQWDDPVVC IALVTNAWVF LLLYIVPELC ILYR SEFLE VLFQGPHHHH HHHHHH UniProtKB: Soluble cytochrome b562, G-protein coupled receptor family C group 5 member D |
-分子 #2: scFv
分子 | 名称: scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 30.387537 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFASS ELTQDPAVSV ALGQTVRITC QGDSLRSYYA SWYQQKPGQA PVLVIYGKN NRPSGIPDRF SGSSSGNTAS LTITGAQAED EADYYCNSRD SSGNPPVVFG GGTKLTVLGS RGGGGSGGGG S GGGGSLEM ...文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFASS ELTQDPAVSV ALGQTVRITC QGDSLRSYYA SWYQQKPGQA PVLVIYGKN NRPSGIPDRF SGSSSGNTAS LTITGAQAED EADYYCNSRD SSGNPPVVFG GGTKLTVLGS RGGGGSGGGG S GGGGSLEM AQVQLVESGG GLVHPGGSLR LSCAASGFTF RSHSMNWVRQ APGKGLEWVS SISSDSTYTY YADSVKGRFT IS RDNAKNS LYLQMNSLRA EDTAVYYCAR SGGQWKYYDY WGQGTLVTVS S |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 78948 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |