+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39543 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mouse Fc epsilon RI | |||||||||
マップデータ | Main map (B-factor sharpened) | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | IgE / high-affinity IgE receptor / allergy / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / serotonin secretion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / negative regulation of mast cell apoptotic process / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / T cell differentiation involved in immune response ...Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / serotonin secretion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / negative regulation of mast cell apoptotic process / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / T cell differentiation involved in immune response / high-affinity IgE receptor activity / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / mast cell apoptotic process / mast cell activation / Fc-gamma receptor III complex / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of interleukin-3 production / FCERI mediated NF-kB activation / serotonin secretion by platelet / positive regulation of mast cell cytokine production / Cell surface interactions at the vascular wall / neutrophil activation involved in immune response / positive regulation of mast cell degranulation / regulation of platelet activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / positive regulation of type III hypersensitivity / IgE binding / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of protein localization to cell surface / leukotriene biosynthetic process / : / positive regulation of type I hypersensitivity / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / IgG binding / mast cell degranulation / phagocytosis, engulfment / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / regulation of immune response / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / neutrophil chemotaxis / positive regulation of calcium-mediated signaling / SH2 domain binding / Neutrophil degranulation / osteoclast differentiation / integrin-mediated signaling pathway / establishment of localization in cell / protein localization to plasma membrane / phosphoprotein binding / calcium-mediated signaling / receptor internalization / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of immune response / cell surface receptor signaling pathway / endosome / defense response to bacterium / immune response / protein heterodimerization activity / membrane raft / external side of plasma membrane / innate immune response / protein kinase binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang Z / Yui M / Ohto U / Shimizu T | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Mouse Fc epsilon RI 著者: Zhang Z / Yui M / Ohto U / Shimizu T | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39543.map.gz | 97.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-39543-v30.xml emd-39543.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_39543.png | 102.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-39543.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_39543_additional_1.map.gz emd_39543_half_map_1.map.gz emd_39543_half_map_2.map.gz | 51 MB 95.4 MB 95.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39543 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39543 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39543_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_39543_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39543_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39543_validation.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39543 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39543 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8yrjMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39543.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Main map (B-factor sharpened) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_39543_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39543_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39543_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mouse Fc epsilon RI
全体 | 名称: Mouse Fc epsilon RI |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Mouse Fc epsilon RI
超分子 | 名称: Mouse Fc epsilon RI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
分子 | 名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 31.646197 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVTGRSAQLC LALLFMSLDV ILTATEKSVL TLDPPWIRIF TGEKVTLSCY GNNHLQMNST TKWIHNGTVS EVNSSHLVIV SATVQDSGK YICQKQGLFK SKPVYLNVTQ DWLLLQTSAD MVLVHGSFDI RCHGWKNWNV RKVIYYRNDH AFNYSYESPV S IREATLND ...文字列: MVTGRSAQLC LALLFMSLDV ILTATEKSVL TLDPPWIRIF TGEKVTLSCY GNNHLQMNST TKWIHNGTVS EVNSSHLVIV SATVQDSGK YICQKQGLFK SKPVYLNVTQ DWLLLQTSAD MVLVHGSFDI RCHGWKNWNV RKVIYYRNDH AFNYSYESPV S IREATLND SGTYHCKGYL RQVKYESDKF RIAVVKAYKC KYYWLQLIFP LLVAILFAVD TGLLLSTEEQ FKSVLEIQKT GK YKKVETE LLTENLYFQG DYKDDDDKHH HHHHHH UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha |
-分子 #2: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
分子 | 名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 11.890856 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MISAVILFLL LLVEQAAALG EPQLCYILDA VLFLYGIVLT LLYCRLKIQV RKAAIASREK ADAVYTGLNT RSQETYETLK HEKPPQWSH PQFEKEQKLI SEEDL UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma |
-分子 #3: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
分子 | 名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 27.166141 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDTENRSRAD LALPNPQESS SAPDIELLEA SPAKAAPPKQ TWRTFLKKEL EFLGATQILV GLICLCFGTI VCSVLYVSDF DEEVLLLYK LGYPFWGAVL FVLSGFLSII SERKNTLYLV RGSLGANIVS SIAAGTGIAM LILNLTNNFA YMNNCKNVTE D DGCFVASF ...文字列: MDTENRSRAD LALPNPQESS SAPDIELLEA SPAKAAPPKQ TWRTFLKKEL EFLGATQILV GLICLCFGTI VCSVLYVSDF DEEVLLLYK LGYPFWGAVL FVLSGFLSII SERKNTLYLV RGSLGANIVS SIAAGTGIAM LILNLTNNFA YMNNCKNVTE D DGCFVASF TTELVLMMLF LTILAFCSAV LFTIYRIGQE LESKKVPDDR LYEELNVYSP IYSELEDKGE TSSPVDSEQK LI SEEDL UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97368 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |