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万見
- EMDB-39217: Cryo-EM structure of Dragon Grouper nervous necrosis virion at pH... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39217
タイトルCryo-EM structure of Dragon Grouper nervous necrosis virion at pH5.0 (4.36A)
マップデータ
試料
  • 複合体: Dragon Grouper nervous necrosis virion at pH5.0 (180 subunits)
    • タンパク質・ペプチド: Dragon Grouper nervous necrosis virion at pH5.0
キーワードnervous necrosis virus / Dragon Grouper / Cryo-EM structure / VIRUS
生物種Channa striata (魚類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.36 Å
データ登録者Wang CH / Chang WH
資金援助 台湾, 2件
OrganizationGrant number国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2024
タイトル: Molecular Mechanism of pH-Induced Protrusion Configuration Switching in Piscine Betanodavirus Implies a Novel Antiviral Strategy.
著者: Petra Štěrbová / Chun-Hsiung Wang / Kathleen J D Carillo / Yuan-Chao Lou / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Der-Lii M Tzou / Wei-Hau Chang /
要旨: Many viruses contain surface spikes or protrusions that are essential for virus entry. These surface structures can thereby be targeted by antiviral drugs to treat viral infections. Nervous necrosis ...Many viruses contain surface spikes or protrusions that are essential for virus entry. These surface structures can thereby be targeted by antiviral drugs to treat viral infections. Nervous necrosis virus (NNV), a simple nonenveloped virus in the genus of betanodavirus, infects fish and damages aquaculture worldwide. NNV has 60 conspicuous surface protrusions, each comprising three protrusion domains (P-domain) of its capsid protein. NNV uses protrusions to bind to common receptors of sialic acids on the host cell surface to initiate its entry via the endocytic pathway. However, structural alterations of NNV in response to acidic conditions encountered during this pathway remain unknown, while detailed interactions of protrusions with receptors are unclear. Here, we used cryo-EM to discover that Grouper NNV protrusions undergo low-pH-induced compaction and resting. NMR and molecular dynamics (MD) simulations were employed to probe the atomic details. A solution structure of the P-domain at pH 7.0 revealed a long flexible loop (amino acids 311-330) and a pocket outlined by this loop. Molecular docking analysis showed that the N-terminal moiety of sialic acid inserted into this pocket to interact with conserved residues inside. MD simulations demonstrated that part of this loop converted to a β-strand under acidic conditions, allowing for P-domain trimerization and compaction. Additionally, a low-pH-favored conformation is attained for the linker connecting the P-domain to the NNV shell, conferring resting protrusions. Our findings uncover novel pH-dependent conformational switching mechanisms underlying NNV protrusion dynamics potentially utilized for facilitating NNV entry, providing new structural insights into complex NNV-host interactions with the identification of putative druggable hotspots on the protrusion.
履歴
登録2024年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年9月25日-
現状2024年9月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39217.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39217.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 384 pix.
= 418.099 Å		1.09 Å/pix.
x 384 pix.
= 418.099 Å		1.09 Å/pix.
x 384 pix.
= 418.099 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0888 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.27817932 - 1.077031
平均 (標準偏差)0.08629442 (±0.15666011)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-191-191-191
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 418.09918 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39217_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dragon Grouper nervous necrosis virion at pH5.0 (180 subunits)

全体名称: Dragon Grouper nervous necrosis virion at pH5.0 (180 subunits)
要素
  • 複合体: Dragon Grouper nervous necrosis virion at pH5.0 (180 subunits)
    • タンパク質・ペプチド: Dragon Grouper nervous necrosis virion at pH5.0

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超分子 #1: Dragon Grouper nervous necrosis virion at pH5.0 (180 subunits)

超分子名称: Dragon Grouper nervous necrosis virion at pH5.0 (180 subunits)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Channa striata (魚類) / 株: SSN-1 cell

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分子 #1: Dragon Grouper nervous necrosis virion at pH5.0

分子名称: Dragon Grouper nervous necrosis virion at pH5.0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MVRKGEKKLA KPPTTKAANP QPRRRANNRR RSNRTDAPVS KASTVTGFGR GTNDVHLSGM SRISQAVLPA GTGTDGYVVV DATIVPDLLP RLGHAARIFQ RYAVETLEFE IQPMCPANTG GGYVAGFLPD PTDNDHTFDA LQATRGAVVA KWWESRTVRP QYTRTLLWTS ...文字列:
MVRKGEKKLA KPPTTKAANP QPRRRANNRR RSNRTDAPVS KASTVTGFGR GTNDVHLSGM SRISQAVLPA GTGTDGYVVV DATIVPDLLP RLGHAARIFQ RYAVETLEFE IQPMCPANTG GGYVAGFLPD PTDNDHTFDA LQATRGAVVA KWWESRTVRP QYTRTLLWTS SGKEQRLTSP GRLILLCVGN NTDVVNVSVL CRWSVRLSVP SLETPEETTA PIMTQGSLYN DSLSTNDFKS ILLGSTPLDI APDGAVFQLD RPLSIDYSLG TGDVDRAVYW HLKKFAGNAG TPAGWFRWGI WDNFNKTFTD GVAYYSDEQP RQILLPVGTV CTRVDSEN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 200
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.18 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.42 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26494
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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