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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39110 | |||||||||
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タイトル | Type I-EHNH Cascade complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA pro / RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Z | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Mechanisms for HNH-mediated target DNA cleavage in type I CRISPR-Cas systems. 著者: Chendi Zhang / Fugen Chen / Feng Wang / Haijiang Xu / Jialin Xue / Zhuang Li / 要旨: The metagenome-derived type I-E and type I-F variant CRISPR-associated complex for antiviral defense (Cascade) complexes, fused with HNH domains, precisely cleave target DNA, representing recently ...The metagenome-derived type I-E and type I-F variant CRISPR-associated complex for antiviral defense (Cascade) complexes, fused with HNH domains, precisely cleave target DNA, representing recently identified genome editing tools. However, the underlying working mechanisms remain unknown. Here, structures of type I-F and I-E Cascade complexes at different states are reported. In type I-F Cascade, Cas8f loosely attaches to Cascade head and is adjacent to the 5' end of the target single-stranded DNA (ssDNA). Formation of the full R-loop drives the Cascade head to move outward, allowing Cas8f to detach and rotate ∼150° to accommodate target ssDNA for cleavage. In type I-E Cascade, Cas5e domain is adjacent to the 5' end of the target ssDNA. Full crRNA-target pairing drives the lift of the Cascade head, widening the substrate channel for target ssDNA entrance. Altogether, these analyses into both complexes revealed that crRNA-guided positioning of target DNA and target DNA-induced HNH unlocking are two key factors for their site-specific cleavage of target DNA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39110.map.gz | 117.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39110-v30.xml emd-39110.xml | 19.8 KB 19.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_39110_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_39110.png | 105.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-39110.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_39110_half_map_1.map.gz emd_39110_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39110 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39110 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39110_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39110_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39110_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39110_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39110 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39110 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39110.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39110_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39110_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Type I-EHNH Cascade complex
全体 | 名称: Type I-EHNH Cascade complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Type I-EHNH Cascade complex
超分子 | 名称: Type I-EHNH Cascade complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) |
-分子 #1: CRISPR system Cascade subunit CasD
分子 | 名称: CRISPR system Cascade subunit CasD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 43.621383 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSAPPNTLFL RLEGALQSWG SNEAKFALRR TADAPTKSGV LGLLCAAMGI GRAEAADSWL PKLANLRMGV RIDRPGIRWW DFHTVGAGQ RMRMAELKAP KKPSMVGAAL AETLTPSKVK TRAETLLSRR EYLADASFLV ALQGEPELVA KLSAALAKPV W AIYLGRKS ...文字列: MSAPPNTLFL RLEGALQSWG SNEAKFALRR TADAPTKSGV LGLLCAAMGI GRAEAADSWL PKLANLRMGV RIDRPGIRWW DFHTVGAGQ RMRMAELKAP KKPSMVGAAL AETLTPSKVK TRAETLLSRR EYLADASFLV ALQGEPELVA KLSAALAKPV W AIYLGRKS CPPSRPVCEH PPGFYNTLEE ALSAVPLQKR WHNEPLPQIL PCVMDWIPGY DGEHAPDDAE IHYDLPVSFQ PP RHLPRFV IRRELVVGED VQVSRETGTS VWRPKGTRAD YNNSEYKKVR AERLVMDHAA CMVCKAPATT VQHVNYRRAG GKE IPEDLR ALCRLCHDAC TMLEYGSGMT TNRIDPCDPI WRERILAKRK EIVEFRSRGQ RFRKMKPEEE NG UniProtKB: CRISPR system Cascade subunit CasD |
-分子 #2: CRISPR-associated endoribonuclease Cse3
分子 | 名称: CRISPR-associated endoribonuclease Cse3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 31.218768 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIYLSRLLID TGGNPDRPRP GRKWLDNIYN VHRRLSMAFP SGLRREQDPH FLKPFSPNDF QKTPFLFRVD NNIDGNDKRA IIIVQSVLE PDWDYCFQNA LDFLAAPPET KEYNPEFKAG QLLRFRLRVN ASVRRHIPEM VQQDGQTIET GKILHKRVSL T WDASSTPD ...文字列: MIYLSRLLID TGGNPDRPRP GRKWLDNIYN VHRRLSMAFP SGLRREQDPH FLKPFSPNDF QKTPFLFRVD NNIDGNDKRA IIIVQSVLE PDWDYCFQNA LDFLAAPPET KEYNPEFKAG QLLRFRLRVN ASVRRHIPEM VQQDGQTIET GKILHKRVSL T WDASSTPD QALADWLAAK SPKLGFTLQR CELLQLGWVY GSKPEPKNVK VKEQGQGYWR EHKYNPLRFR AALLEGVLEV DD PKLFLKT LSSGIGKAKS FGFGLLSVLP IRNDG UniProtKB: CRISPR-associated endoribonuclease Cse3 |
-分子 #4: CRISPR system Cascade subunit CasC
分子 | 名称: CRISPR system Cascade subunit CasC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 41.794367 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLIEIHMIQN HSPANLNRDD LGAPKTCYFG GVLRSRISSQ CIKRSIRTSN DFKALLGGVR TRRLADLIQQ EAGETECWKK AQEILNKCG FKNKDDNTKM LVFMSKDKIK DLARIVLDNS LGLTEAAQQV ANVIAQATLA PDIALCGRML EPNDKDKDKK V KWSNTTVE ...文字列: MLIEIHMIQN HSPANLNRDD LGAPKTCYFG GVLRSRISSQ CIKRSIRTSN DFKALLGGVR TRRLADLIQQ EAGETECWKK AQEILNKCG FKNKDDNTKM LVFMSKDKIK DLARIVLDNS LGLTEAAQQV ANVIAQATLA PDIALCGRML EPNDKDKDKK V KWSNTTVE AALQVAHAIS THIARPEIDY FVAADDVPGE DAGAGHIGES MFASACFYKY FSIDWEQLVK NLKGDTNLAA HT VGAFLLA AAKTNPSGKQ NSFAAHNYPD GILVEFKNSP ISYANAFVRP VSVVKESDLV EQSIGQLSNY VNDIRLGYYD EQS PVIGFW FSPNNRYPLG YKHSKLASRN IGNLNELVGA VLDYIGGFKW EEVQKSKAYI GG UniProtKB: CRISPR system Cascade subunit CasC |
-分子 #5: CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1)
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 60.665359 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MYCAAVCFPQ TKYQQRGTAL KKPLVGLRKM GVEAAAWNTL KVTRDRPKLT FPDLITPQSK FLDNDLWLKY KVPIEQKEHV MYNLLCDNW VNVVYLSGKP DRISLVQTLK DAHCLQLAYS NPMDRFTVFR FLLALGYWCF ANTNVEPEPD KPLPVSWIPW L EENKEYFE ...文字列: MYCAAVCFPQ TKYQQRGTAL KKPLVGLRKM GVEAAAWNTL KVTRDRPKLT FPDLITPQSK FLDNDLWLKY KVPIEQKEHV MYNLLCDNW VNVVYLSGKP DRISLVQTLK DAHCLQLAYS NPMDRFTVFR FLLALGYWCF ANTNVEPEPD KPLPVSWIPW L EENKEYFE LFGDGKRFFQ ADPSSRIRAI TDLIHEIPTA HNLCHFKHVT DYIDGLCEAC CIKGLLRLPV FTTVGGRGIG AG INNTPPF YLLWHANDLA GMLAQNWQPW DNMGIPAWLG SFQKESREVG LLAGMTWLPR KVYLHDPVPG QAACCSCGLP SEA LVYSCS IEVEPVPKGL EWKDPHGVYT DQGKSLQSKI KLMSNDRYTF ADRDWYSPLF SYLHAEGNSR QGKLWLVGFA SDKA KSIDI WDKIIELEGT DTNDELLAQL ANRATALNAM RKKPLRGDFK KSVGTPQIAD IIPHAENRIA INAGKMTENR GYSWQ DADT EYGELLTKVA YSLEPAQTVD ARLKRGNFIS RKPWPIIPES KTKPAEGDQN E UniProtKB: CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) |
-分子 #6: CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2)
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 20.300639 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNRGTVDFIA SLENLKEGDL GILRKLRGAR LDEKLPGFDL FSALWWPLRQ KNQRAPKREV AWLIAKLFAE FRFEQREGAT LPILMGGIC RKLEPKKELP RVLARFDQLA SLDIMQMEEP LSVIMGILRK HQQVCLDWVG LTDVLSFWEQ EPVKREWSDS F IKAYKINK EDSDVD UniProtKB: CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) |
-分子 #3: 61-nt crRNA
分子 | 名称: 61-nt crRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 19.681744 KDa |
配列 | 文字列: GUGAACCGGA GAAGUCAUUU AAUAAGGCCA CUGUUAAAAA GUAUUCCCCA CGCAUGUGGG G |
-分子 #7: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |