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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38966 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human urate transporter GLUT9 bound to substrate urate | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of human urate transporter GLUT9 bound to substrate urate in detergent micelles | |||||||||
試料 |
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キーワード | GLUT9 / Urate / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective SLC2A9 causes hypouricemia renal 2 (RHUC2) / hexose transmembrane transporter activity / monosaccharide transmembrane transport / fructose transmembrane transporter activity / fructose transmembrane transport / hexose transmembrane transport / carbohydrate:proton symporter activity / : / Cellular hexose transport / urate transport ...Defective SLC2A9 causes hypouricemia renal 2 (RHUC2) / hexose transmembrane transporter activity / monosaccharide transmembrane transport / fructose transmembrane transporter activity / fructose transmembrane transport / hexose transmembrane transport / carbohydrate:proton symporter activity / : / Cellular hexose transport / urate transport / D-glucose transmembrane transport / urate transmembrane transporter activity / urate metabolic process / transmembrane transporter activity / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å | |||||||||
データ登録者 | Pan XJ / Shen ZL / Xu L / Huang GXY | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis for urate recognition and apigenin inhibition of human GLUT9. 著者: Zilin Shen / Li Xu / Tong Wu / Huan Wang / Qifan Wang / Xiaofei Ge / Fang Kong / Gaoxingyu Huang / Xiaojing Pan / 要旨: Urate, the physiological form of uric acid and a potent antioxidant in serum, plays a pivotal role in scavenging reactive oxygen species. Yet excessive accumulation of urate, known as hyperuricemia, ...Urate, the physiological form of uric acid and a potent antioxidant in serum, plays a pivotal role in scavenging reactive oxygen species. Yet excessive accumulation of urate, known as hyperuricemia, is the primary risk factor for the development of gout. The high-capacity urate transporter GLUT9 represents a promising target for gout treatment. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human GLUT9 in complex with urate or its inhibitor apigenin at overall resolutions of 3.5 Å and 3.3 Å, respectively. In both structures, GLUT9 exhibits an inward open conformation, wherein the substrate binding pocket faces the intracellular side. These structures unveil the molecular basis for GLUT9's substrate preference of urate over glucose, and show that apigenin acts as a competitive inhibitor by occupying the substrate binding site. Our findings provide critical information for the development of specific inhibitors targeting GLUT9 as potential therapeutics for gout and hyperuricemia. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38966.map.gz | 25.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38966-v30.xml emd-38966.xml | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38966_fsc.xml | 6.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38966.png | 155.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38966.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_38966_half_map_1.map.gz emd_38966_half_map_2.map.gz | 25 MB 25 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38966 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38966 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38966_validation.pdf.gz | 696.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38966_full_validation.pdf.gz | 696.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38966_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38966_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38966 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38966 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8y65MC 8y66C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38966.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of human urate transporter GLUT9 bound to substrate urate in detergent micelles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38966_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38966_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GLUT9 in complex with urate
全体 | 名称: GLUT9 in complex with urate |
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要素 |
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-超分子 #1: GLUT9 in complex with urate
超分子 | 名称: GLUT9 in complex with urate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9
分子 | 名称: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 63.21509 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTARKQNRN SKELGLVPLT DDTSHAGPPG PGRALLECDH LRSGVPGGR RRKDWSCSLL VASLAGAFGS SFLYGYNLSV VNAPTPYIKA FYNESWERRH GRPIDPDTLT LLWSVTVSIF A IGGLVGTL ...文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTARKQNRN SKELGLVPLT DDTSHAGPPG PGRALLECDH LRSGVPGGR RRKDWSCSLL VASLAGAFGS SFLYGYNLSV VNAPTPYIKA FYNESWERRH GRPIDPDTLT LLWSVTVSIF A IGGLVGTL IVKMIGKVLG RKHTLLANNG FAISAALLMA CSLQAGAFEM LIVGRFIMGI DGGVALSVLP MYLSEISPKE IR GSLGQVT AIFICIGVFT GQLLGLPELL GKESTWPYLF GVIVVPAVVQ LLSLPFLPDS PRYLLLEKHN EARAVKAFQT FLG KADVSQ EVEEVLAESR VQRSIRLVSV LELLRAPYVR WQVVTVIVTM ACYQLCGLNA IWFYTNSIFG KAGIPPAKIP YVTL STGGI ETLAAVFSGL VIEHLGRRPL LIGGFGLMGL FFGTLTITLT LQDHAPWVPY LSIVGILAII ASFCSGPGGI PFILT GEFF QQSQRPAAFI IAGTVNWLSN FAVGLLFPFI QKSLDTYCFL VFATICITGA IYLYFVLPET KNRTYAEISQ AFSKRN KAY PPEEKIDSAV TDGKINGRP UniProtKB: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9 |
-分子 #2: URIC ACID
分子 | 名称: URIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: URC |
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分子量 | 理論値: 168.11 Da |
Chemical component information | ChemComp-URC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.56 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |