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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38899 | |||||||||
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タイトル | Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 2G1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / extracellular region / membrane / SGP / Virion spike glycoprotein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Henipavirus nipahense (ウイルス) / Ebola virus (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Fan PF / Yu CM / Chen W | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 2G1 著者: Fan PF / Yu CM / Chen W | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38899.map.gz | 108.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38899-v30.xml emd-38899.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38899_fsc.xml emd_38899_fsc_2.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38899.png | 160.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38899.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_38899_half_map_1.map.gz emd_38899_half_map_2.map.gz | 200.1 MB 200.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38899 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38899 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38899_validation.pdf.gz | 852.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38899_full_validation.pdf.gz | 851.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38899_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38899_validation.cif.gz | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38899 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38899 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8y3uMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38899.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38899_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38899_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing a...
全体 | 名称: Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 2G1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing a...
超分子 | 名称: Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 2G1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス) |
-超分子 #2: Ebola virus glycoprotein
超分子 | 名称: Ebola virus glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
-超分子 #3: 2G1 Fab
超分子 | 名称: 2G1 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 2G1 VH
分子 | 名称: 2G1 VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.535075 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVKRGGSLRL SCVVSGYTFG GYSMHWVRQA PGKGLEWVSG ISSSSYYKYY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTAVYYCARD MGYCSGGSCP NFDFWGQGTT VTVSS |
-分子 #2: 2G1 VL
分子 | 名称: 2G1 VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.342541 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRTSQSISN YLNWYQQIPG KAPKLLISTA SNLHSGVSSR FSGSGSGTHF TLTISSLQPE DFATYYCQQ SYSTPSFGQG TKVEIK |
-分子 #3: Virion spike glycoprotein
分子 | 名称: Virion spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
分子量 | 理論値: 10.883393 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VIVNAQPKCN PNLHYWTTQD EGAAIGLAWI PYFGPAAEGI YTEGLMHNQD GLICGLRQLA NETTQALQLF LRATTELRTF SILNRKAID FLLQRWAA UniProtKB: Virion spike glycoprotein |
-分子 #4: SGP
分子 | 名称: SGP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
分子量 | 理論値: 16.984287 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SIPLGVIHNS TLQVSDVDKL VCRDKLSSTN QLRSVGLNLE GNGVATDVPS VTKRWGFRSG VPPKVVNYEA GEWAENCYNL EIKKPDGSE CLPAAPDGIR GFPRCRYVHK VSGTGPCAGD FAFHKEGAFF LYDRLASTVI YRGTTFAEGV VAFLILAA UniProtKB: SGP |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 137 mM NaCl, 2.7mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 8926 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |