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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3885 | |||||||||
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タイトル | YaxAB pore complex | |||||||||
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![]() | Pore-forming toxin / Pathogens / Two-component toxin / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | : / membrane => GO:0016020 / Uncharacterized protein / Putative membrane protein / Alpha-xenorhabdolysin family binary toxin subunit B![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å | |||||||||
![]() | Braeuning B / Bertosin E / Dietz H / Groll M | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of the two-component α-helical pore-forming toxin YaxAB. 著者: Bastian Bräuning / Eva Bertosin / Florian Praetorius / Christian Ihling / Alexandra Schatt / Agnes Adler / Klaus Richter / Andrea Sinz / Hendrik Dietz / Michael Groll / ![]() 要旨: Pore-forming toxins (PFT) are virulence factors that transform from soluble to membrane-bound states. The Yersinia YaxAB system represents a family of binary α-PFTs with orthologues in human, ...Pore-forming toxins (PFT) are virulence factors that transform from soluble to membrane-bound states. The Yersinia YaxAB system represents a family of binary α-PFTs with orthologues in human, insect, and plant pathogens, with unknown structures. YaxAB was shown to be cytotoxic and likely involved in pathogenesis, though the molecular basis for its two-component lytic mechanism remains elusive. Here, we present crystal structures of YaxA and YaxB, together with a cryo-electron microscopy map of the YaxAB complex. Our structures reveal a pore predominantly composed of decamers of YaxA-YaxB heterodimers. Both subunits bear membrane-active moieties, but only YaxA is capable of binding to membranes by itself. YaxB can subsequently be recruited to membrane-associated YaxA and induced to present its lytic transmembrane helices. Pore formation can progress by further oligomerization of YaxA-YaxB dimers. Our results allow for a comparison between pore assemblies belonging to the wider ClyA-like family of α-PFTs, highlighting diverse pore architectures. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 21.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 28.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 192 MB 192.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 344.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 343.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.106 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_3885_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_3885_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : YaxAB complex (10x YaxA + 10x YaxB)
全体 | 名称: YaxAB complex (10x YaxA + 10x YaxB) |
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要素 |
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-超分子 #1: YaxAB complex (10x YaxA + 10x YaxB)
超分子 | 名称: YaxAB complex (10x YaxA + 10x YaxB) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Purified with Cymal-6 detergent and reconstituted in amphipol prior to Cryo-EM. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 850 KDa |
-分子 #1: YaxA
分子 | 名称: YaxA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 45.877156 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: TQTQLAIDNV LASAESTIQL NELPKVVLDF ITGEQTSVAR SGGIFTKEDL INLKLYVRKG LSLPTRQDEV EAYLGYKKID VAGLEPKDI KLLFDEIHNH ALNWNDVEQA VLQQSLDLDI AAKNIISTGN EIINLINQMP ITLRVKTLLG DITDKQLENI T YESADHEV ...文字列: TQTQLAIDNV LASAESTIQL NELPKVVLDF ITGEQTSVAR SGGIFTKEDL INLKLYVRKG LSLPTRQDEV EAYLGYKKID VAGLEPKDI KLLFDEIHNH ALNWNDVEQA VLQQSLDLDI AAKNIISTGN EIINLINQMP ITLRVKTLLG DITDKQLENI T YESADHEV ASALKDILDD MKGDINRHQT TTENVRKKVS DYRITLTGGE LSSGDKVNGL EPQVKTKYDL MEKSNMRKSI KE LDEKIKE KRQRIEQLKK DYDKFVGLSF TGAIGGIIAM AITGGIFGAK AENARKEKNA LISEVAELES KVSSQRALQT ALE ALSLSF SDIGIRMVDA ESALNHLDFM WLSVLNQITE SQIQFAMINN ALRLTSFVNK FQQVITPWQS VGDSARQLVD IFDE AIKEY KKVYG UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #2: YaxB
分子 | 名称: YaxB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 39.248836 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GAEISTFPHS GLSYPDINFK IFSQGVKNIS HLAQFKTTGV EVLQEKALRV SLYSQRLDVI VRESLSSLQV KLENTLALTY FTTLEEIDE ALISQDIDEE SKSEMRKERI NIIKNLSNDI TQLKQLFIEK TELLDKSSSD LHNVVIIEGT DKVLQAEQLR Q KQLTEDIA ...文字列: GAEISTFPHS GLSYPDINFK IFSQGVKNIS HLAQFKTTGV EVLQEKALRV SLYSQRLDVI VRESLSSLQV KLENTLALTY FTTLEEIDE ALISQDIDEE SKSEMRKERI NIIKNLSNDI TQLKQLFIEK TELLDKSSSD LHNVVIIEGT DKVLQAEQLR Q KQLTEDIA TKELERKEIE KKRDKIIEAL DVIREHNLVD AFKDLIPTGE NLSELDLAKP EIELLKQSLE ITKKLLGQFS EG LKYIDLT DARKKLDNQI DTASTRLTEL NRQLEQSEKL IAGVNAVIKI DQEKSAVVVE AEKLSRAWHI FIHEITALQG TSL NEVELS KPLIKQQIYL ESLIKQLI UniProtKB: Alpha-xenorhabdolysin family binary toxin subunit B |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.004 kPa | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3 mM F-FOS Choline 8 just before vitrification blot for 3 to 4 s blot distance -2 to -1 mm. | |||||||||
詳細 | Sample exchanged to amphibole A8-35 and run in final round of gel filtration (buffer: 20 mM HEPES pH 7.0, 100 mM NaCl) prior to Cryo-EM. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | ![]() PDB-6el1: |