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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3882 | |||||||||
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タイトル | Thermus thermophilus PilF ATPase (apoprotein form) | |||||||||
マップデータ | Thermus thermophilus PilF ATPase (apoprotein form) | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Derrick JP / Collins RF | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Structural cycle of the Thermus thermophilus PilF ATPase: the powering of type IVa pilus assembly. 著者: Richard Collins / Vijaykumar Karuppiah / C Alistair Siebert / Rana Dajani / Angela Thistlethwaite / Jeremy P Derrick / 要旨: Type IV pili are responsible for a diverse range of functions, including twitching motility and cell adhesion. Assembly of the pilus fiber is driven by a cytoplasmic ATPase: it interacts with an ...Type IV pili are responsible for a diverse range of functions, including twitching motility and cell adhesion. Assembly of the pilus fiber is driven by a cytoplasmic ATPase: it interacts with an inner membrane complex of biogenesis proteins which, in turn, bind to nascent pilin subunits and mediate fiber assembly. Here we report the structural characterization of the PilF TFP assembly ATPase from Thermus thermophilus. The crystal structure of a recombinant C-terminal fragment of PilF revealed bound, unhydrolysed ATP, although the full length complex was enzymatically active. 3D reconstructions were carried out by single particle cryoelectron microscopy for full length apoprotein PilF and in complex with AMPPNP. The structure forms an hourglass-like shape, with the ATPase domains in one half and the N1 domains in the second half which, we propose, interact with the other pilus biogenesis components. Molecular models for both forms were generated: binding of AMPPNP causes an upward shift of the N1 domains towards the ATPase domains of ~8 Å. We advocate a model in which ATP hydrolysis is linked to displacement of the N1 domains which is associated with lifting pilin subunits out of the inner membrane, and provide the activation energy needed to form the pilus fiber. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3882.map.gz | 3.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3882-v30.xml emd-3882.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3882.png | 72.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3882 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3882 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3882.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Thermus thermophilus PilF ATPase (apoprotein form) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Thermus thermophilus PilF ATPase (AMPPNP-bound form)
全体 | 名称: Thermus thermophilus PilF ATPase (AMPPNP-bound form) |
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要素 |
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-超分子 #1: Thermus thermophilus PilF ATPase (AMPPNP-bound form)
超分子 | 名称: Thermus thermophilus PilF ATPase (AMPPNP-bound form) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Type IV pilus assembly protein PilF
分子 | 名称: Type IV pilus assembly protein PilF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Domain is part of the larger protein but connectivity to other domains cannot be confirmed. コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 |
分子量 | 理論値: 16.249751 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: LPRAKPLGEI LVELGLARPE DVEEALQKQR RGGGRLEDTL VQSGKLRPEA LAQAVATQLG YPYVDPEEDP PDPGAPLLLP EDLCRRYGV FPHRLEGNRL VLLMKDPRNI LALDDVRLAL KRKGLNYEVA PAVATEAAIT KLIERFY |
-分子 #2: Type IV pilus assembly protein PilF
分子 | 名称: Type IV pilus assembly protein PilF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Domain is part of the larger protein but connectivity to other domains cannot be confirmed. コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 |
分子量 | 理論値: 15.440708 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QKDLKLGELL LQKGWISREA LEEALVEQEK TGDLLGRILV RKGLPEEALY RALAEQKGLE FLESTEGIVP DPSAALLLLR SDALRYGAV PIGFQNGEVE VVLSDPRHKE AVAQLLNRPA RFYLALPQAW EELFRRAY |
-分子 #3: Type IV pilus assembly protein PilF
分子 | 名称: Type IV pilus assembly protein PilF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 |
分子量 | 理論値: 45.203906 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SAAQKFVKQV IREAFLQDAS DIHIEPRQND VQVRLRIDGA LRPYSTLPKG ALNAVISVVK IMGGLNIAEK RLPQDGRVRY REGAIDVDL RLSTLPTVYG EKAVMRLLKK ASDIPEIEDL GFAPGVFERF KEVISKPYGI FLITGPTGSG KSFTTFSILK R IATPDKNT ...文字列: SAAQKFVKQV IREAFLQDAS DIHIEPRQND VQVRLRIDGA LRPYSTLPKG ALNAVISVVK IMGGLNIAEK RLPQDGRVRY REGAIDVDL RLSTLPTVYG EKAVMRLLKK ASDIPEIEDL GFAPGVFERF KEVISKPYGI FLITGPTGSG KSFTTFSILK R IATPDKNT QTIEDPVEYE IPGINQTQVN PQAGLTFARA LRAFLRQDPD IIMVGEIRDS ETAKIATEAA LTGHLVIATL HT NDAAQAI TRLDEMGVEP FNISAALIGV LSQRLVRRVC EHCKVEVKPD PETLRRLGLS EAEIQGARLY KGMGCERCGG TGY KGRYAI HELLVVDDEI RHAIVAGKSA TEIKEIARRK GMKTLREDGL YKALQGITTL EEVLARTIEA AAELALVPRG SSAH HHHHH HHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 25 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2 and 5 % glycerol (v/v) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45000 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6ejf: |