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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38701 | |||||||||
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タイトル | XBB.1.5-K356T S-trimer (3 RBDs down) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Spike / SARS-CoV-2 / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.37 Å | |||||||||
データ登録者 | Yue C / Liu P | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Natl Sci Rev / 年: 2024 タイトル: Spike N354 glycosylation augments SARS-CoV-2 fitness for human adaptation through structural plasticity. 著者: Pan Liu / Can Yue / Bo Meng / Tianhe Xiao / Sijie Yang / Shuo Liu / Fanchong Jian / Qianhui Zhu / Yuanling Yu / Yanyan Ren / Peng Wang / Yixin Li / Jinyue Wang / Xin Mao / Fei Shao / Youchun ...著者: Pan Liu / Can Yue / Bo Meng / Tianhe Xiao / Sijie Yang / Shuo Liu / Fanchong Jian / Qianhui Zhu / Yuanling Yu / Yanyan Ren / Peng Wang / Yixin Li / Jinyue Wang / Xin Mao / Fei Shao / Youchun Wang / Ravindra Kumar Gupta / Yunlong Cao / Xiangxi Wang / 要旨: Selective pressures have given rise to a number of SARS-CoV-2 variants during the prolonged course of the COVID-19 pandemic. Recently evolved variants differ from ancestors in additional ...Selective pressures have given rise to a number of SARS-CoV-2 variants during the prolonged course of the COVID-19 pandemic. Recently evolved variants differ from ancestors in additional glycosylation within the spike protein receptor-binding domain (RBD). Details of how the acquisition of glycosylation impacts viral fitness and human adaptation are not clearly understood. Here, we dissected the role of N354-linked glycosylation, acquired by BA.2.86 sub-lineages, as a RBD conformational control element in attenuating viral infectivity. The reduced infectivity is recovered in the presence of heparin sulfate, which targets the 'N354 pocket' to ease restrictions of conformational transition resulting in a 'RBD-up' state, thereby conferring an adjustable infectivity. Furthermore, N354 glycosylation improved spike cleavage and cell-cell fusion, and in particular escaped one subset of ADCC antibodies. Together with reduced immunogenicity in hybrid immunity background, these indicate a single spike amino acid glycosylation event provides selective advantage in humans through multiple mechanisms. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38701.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38701-v30.xml emd-38701.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38701.png | 40.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38701.cif.gz | 3.7 KB | ||
その他 | emd_38701_half_map_1.map.gz emd_38701_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38701 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38701_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38701_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38701_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38701_validation.cif.gz | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38701 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8whsC 8whuC 8whvC 8whwC 8whzC 8x4hC 8x4zC 8x50C 8x55C 8x56C 8x5qC 8x5rC 8xurC 8xusC 8xutC 8xuuC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38701.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ |
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密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38701_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : XBB.1.5-K356T S-trimer (3 RBDs down)
全体 | 名称: XBB.1.5-K356T S-trimer (3 RBDs down) |
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要素 |
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-超分子 #1: XBB.1.5-K356T S-trimer (3 RBDs down)
超分子 | 名称: XBB.1.5-K356T S-trimer (3 RBDs down) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57082 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |