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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Pyridoxamine-bound human SLC19A3 | |||||||||
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![]() | SLC19A3 / pyridoxamine / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() pyridoxine transport / thiamine-containing compound metabolic process / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / thiamine transmembrane transport / thiamine transmembrane transporter activity / thiamine transport / thiamine diphosphate biosynthetic process / electron transport chain / transmembrane transport / periplasmic space ...pyridoxine transport / thiamine-containing compound metabolic process / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / thiamine transmembrane transport / thiamine transmembrane transporter activity / thiamine transport / thiamine diphosphate biosynthetic process / electron transport chain / transmembrane transport / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | Dang Y / Wang GP / Zhang Z | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Substrate and drug recognition mechanisms of SLC19A3. 著者: Yu Dang / Tianyi Zhang / Shabareesh Pidathala / Guopeng Wang / Yijie Wang / Nanhao Chen / Chen Song / Chia-Hsueh Lee / Zhe Zhang / ![]() ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 54.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 174.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 664.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 664.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38692_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38692_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : human SLC19A3 in complex with pyridoxamine
全体 | 名称: human SLC19A3 in complex with pyridoxamine |
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要素 |
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-超分子 #1: human SLC19A3 in complex with pyridoxamine
超分子 | 名称: human SLC19A3 in complex with pyridoxamine / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 60 KDa |
-分子 #1: Soluble cytochrome b562,Thiamine transporter 2
分子 | 名称: Soluble cytochrome b562,Thiamine transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 67.910008 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: LEVLFQGPSR ATADLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD ALTKMRAAAL DAQKATPPKL EDKSPDSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALK LANEGKVKEA QAAAEQLKTT RNAYIQKYLS WIYPTVILCL FGFFSMMRPS EPFLIPYLSG PDKNLTSAEI T NEIFPVWT ...文字列: LEVLFQGPSR ATADLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD ALTKMRAAAL DAQKATPPKL EDKSPDSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALK LANEGKVKEA QAAAEQLKTT RNAYIQKYLS WIYPTVILCL FGFFSMMRPS EPFLIPYLSG PDKNLTSAEI T NEIFPVWT YSYLVLLLPV FVLTDYVRYK PVIILQGISF IITWLLLLFG QGVKTMQVVE FFYGMVTAAE VAYYAYIYSV VS PEHYQRV SGYCRSVTLA AYTAGSVLAQ LLVSLANMSY FYLNVISLAS VSVAFLFSLF LPMPKKSMFF HAKPSREIKK SSS VNPVLE ETHEGEAPGC EEQKPTSEIL STSGKLNKGQ LNSLKPSNVT VDVFVQWFQD LKECYSSKRL FYWSLWWAFA TAGF NQVLN YVQILWDYKA PSQDSSIYNG AVEAIATFGG AVAAFAVGYV KVNWDLLGEL ALVVFSVVNA GSLFLMHYTA NIWAC YAGY LIFKSSYMLL ITIAVFQIAV NLNVERYALV FGINTFIALV IQTIMTVIVV DQRGLNLPVS IQFLVYGSYF AVIAGI FLM RSMYITYSTK SQKDVQSPAP SENPDVSHPE EESNIIMSTK LSNS UniProtKB: Soluble cytochrome b562, Thiamine transporter 2 |
-分子 #2: 4-(AMINOMETHYL)-5-(HYDROXYMETHYL)-2-METHYLPYRIDIN-3-OL
分子 | 名称: 4-(AMINOMETHYL)-5-(HYDROXYMETHYL)-2-METHYLPYRIDIN-3-OL タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: PXM |
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分子量 | 理論値: 168.193 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PXM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 246167 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |