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- EMDB-3864: Negative stain electron microscopy reconstruction of a cellulose ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3864
タイトルNegative stain electron microscopy reconstruction of a cellulose secretion (Bcs) macrocomplex from E. coli
マップデータBcs macrocomplex encompassing most inner-membrane and cytosolic components of the E. coli cellulose secretion system. Negative-stain EM
試料
  • 複合体: Protein macrocomplex encompassing most cytosolic and inner-membrane components of the E. coli system for cellulose secretion
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.7 Å
データ登録者Krasteva PV / Fronzes R
資金援助 フランス, 4件
OrganizationGrant number国
CNRSATIP-Avenir 2016 フランス
FRMDEQ20140329508 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-62-IBEID フランス
European Research CouncilMolStructTransfo フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Insights into the structure and assembly of a bacterial cellulose secretion system.
著者: Petya Violinova Krasteva / Joaquin Bernal-Bayard / Laetitia Travier / Fernando Ariel Martin / Pierre-Alexandre Kaminski / Gouzel Karimova / Rémi Fronzes / Jean-Marc Ghigo /
要旨: Secreted exopolysaccharides present important determinants for bacterial biofilm formation, survival, and virulence. Cellulose secretion typically requires the concerted action of a c-di-GMP- ...Secreted exopolysaccharides present important determinants for bacterial biofilm formation, survival, and virulence. Cellulose secretion typically requires the concerted action of a c-di-GMP-responsive inner membrane synthase (BcsA), an accessory membrane-anchored protein (BcsB), and several additional Bcs components. Although the BcsAB catalytic duo has been studied in great detail, its interplay with co-expressed subunits remains enigmatic. Here we show that E. coli Bcs proteins partake in a complex protein interaction network. Electron microscopy reveals a stable, megadalton-sized macromolecular assembly, which encompasses most of the inner membrane and cytosolic Bcs components and features a previously unobserved asymmetric architecture. Heterologous reconstitution and mutational analyses point toward a structure-function model, where accessory proteins regulate secretion by affecting both the assembly and stability of the system. Altogether, these results lay the foundation for more comprehensive models of synthase-dependent exopolysaccharide secretion in biofilms and add a sophisticated secretory nanomachine to the diverse bacterial arsenal for virulence and adaptation.
履歴
登録2017年9月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2017年12月27日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0104
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0104
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3864.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3864.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bcs macrocomplex encompassing most inner-membrane and cytosolic components of the E. coli cellulose secretion system. Negative-stain EM
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.9 Å/pix.
x 210 pix.
= 399. Å		1.9 Å/pix.
x 210 pix.
= 399. Å		1.9 Å/pix.
x 210 pix.
= 399. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0104 / ムービー #1: 0.0104
最小 - 最大-0.07754264 - 0.13978234
平均 (標準偏差)0.00051137165 (±0.008628474)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 399.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.91.91.9
M x/y/z210210210
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.000399.000399.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS210210210
D min/max/mean-0.0780.1400.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Protein macrocomplex encompassing most cytosolic and inner-membra...

全体名称: Protein macrocomplex encompassing most cytosolic and inner-membrane components of the E. coli system for cellulose secretion
要素
  • 複合体: Protein macrocomplex encompassing most cytosolic and inner-membrane components of the E. coli system for cellulose secretion

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超分子 #1: Protein macrocomplex encompassing most cytosolic and inner-membra...

超分子名称: Protein macrocomplex encompassing most cytosolic and inner-membrane components of the E. coli system for cellulose secretion
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Protein macrocomplex encompassing cytosolic (BcsRQEF) and inner-membrane (BcsAB) components. Isolated from purified and detergent-solubilised E. coli 1094 membranes using FLAG-tagged BcsA as ...詳細: Protein macrocomplex encompassing cytosolic (BcsRQEF) and inner-membrane (BcsAB) components. Isolated from purified and detergent-solubilised E. coli 1094 membranes using FLAG-tagged BcsA as bait. Stabilised by gentle glutaraldehyde cross-linking over a density gradient (GraFix).
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: 1094 2K7 BcsA-HA-FLAG / 組換プラスミド: Chromosome-driven expression
分子量理論値: 1.4 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM HEPES pH 8.0 120 mM NaCl, 10%-40% glycerol, 5 mM MgCl2 10 uM AppCp 2 uM cyclic c-di-GMP cOmplete protease inhibitors
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: 5 micrometers of sample were spotted on glow-discharged carbon-coated copper grids. After 1 minutes the liquid was blotted off and the sample was stained by quick passage through 3 drops of ...詳細: 5 micrometers of sample were spotted on glow-discharged carbon-coated copper grids. After 1 minutes the liquid was blotted off and the sample was stained by quick passage through 3 drops of 2% uranyl acetate. The sample was left for 20-30 seconds on the last drop of stain, after which the liquid was blotted off and the sample was allowed to air-dry
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 7mA, 10 microns
詳細Sample was purified from pelleted and solubilised membrane fractions of the E. coli 1094 2K7 BcsA-HA-FLAG strain using anti-FLAG affinity gel, 3xFLAG peptide elution and glycerol gradient purification coupled with gentle glutaraldehyde cross-linking (GraFix). Sample was monodisperse and subjected to thin-layer uranyl acetate staining.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 12.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 44056
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.0)
詳細: CTF correction was performed in EMAN2.0 (e2ctf) using the automated fitting function before and after structure factor generation
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An initial 3D model was generated in EMAN2.0 using the e2initialmodel function.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 24769
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.0)
詳細: An initial 3D model was generated in EMAN2.0 using the e2initialmodel function. Additional initial models were generated by random conical tilt reconstruction in EMAN using a separate dataset ...詳細: An initial 3D model was generated in EMAN2.0 using the e2initialmodel function. Additional initial models were generated by random conical tilt reconstruction in EMAN using a separate dataset collected in tilt-pairs.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 200 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
詳細: A total of 44056 particles were subjected to two rounds of 2D classification in RELION using 200 classes for each. After each round, low-contrast or smeared classes were rejected. A total of ...詳細: A total of 44056 particles were subjected to two rounds of 2D classification in RELION using 200 classes for each. After each round, low-contrast or smeared classes were rejected. A total of 24769 particles were saved for 3D classification in RELION using 3 classes. As all 3D classes showed similar features the EMAN2.0-generated initial model was refined against all 24769 particles.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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