+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38393 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of prostatic acid phosphatase in human semen | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Acid phosphatase (酸性ホスファターゼ) / CELL CYCLE (細胞周期) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thiamine phosphate phosphatase activity / positive regulation of adenosine receptor signaling pathway / thiamine metabolic process / Golgi cisterna / adenosine metabolic process / 酸性ホスファターゼ / regulation of sensory perception of pain / lysophosphatidic acid phosphatase activity / XMP 5'-nucleosidase activity / acid phosphatase activity ...thiamine phosphate phosphatase activity / positive regulation of adenosine receptor signaling pathway / thiamine metabolic process / Golgi cisterna / adenosine metabolic process / 酸性ホスファターゼ / regulation of sensory perception of pain / lysophosphatidic acid phosphatase activity / XMP 5'-nucleosidase activity / acid phosphatase activity / 5'-ヌクレオチダーゼ / 5'-nucleotidase activity / vesicle membrane / nucleotide metabolic process / choline binding / azurophil granule membrane / lysosome organization / phosphatase activity / purine nucleobase metabolic process / 脱リン酸化 / エンドソーム / プロテインチロシンホスファターゼ / filopodium / protein tyrosine phosphatase activity / lipid metabolic process / apical part of cell / リソソーム / molecular adaptor activity / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu XZ / Li JL / Deng D / Wang X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024 タイトル: Purification, identification and Cryo-EM structure of prostatic acid phosphatase in human semen. 著者: Xuanzhong Liu / Lin Yu / Zhili Xia / Jialu Li / Wenbo Meng / Ling Min / Fuping Li / Xiang Wang / 要旨: Prostatic acid phosphatase (PAP) is a glycoprotein that plays a crucial role in the hydrolysis of phosphate ester present in prostatic exudates. It is a well-established indicator for prostate cancer ...Prostatic acid phosphatase (PAP) is a glycoprotein that plays a crucial role in the hydrolysis of phosphate ester present in prostatic exudates. It is a well-established indicator for prostate cancer due to its elevated serum levels in disease progression. Despite its abundance in semen, PAP's influence on male fertility has not been extensively studied. In our study, we report a significantly optimized method for purifying human endogenous PAP, achieving remarkably high efficiency and active protein recovery rate. This achievement allowed us to better analyze and understand the PAP protein. We determined the cryo-electron microscopic (Cryo-EM) structure of prostatic acid phosphatase in its physiological state for the first time. Our structural and gel filtration analysis confirmed the formation of a tight homodimer structure of human PAP. This functional homodimer displayed an elongated conformation in the cryo-EM structure compared to the previously reported crystal structure. Additionally, there was a notable 5-degree rotation in the angle between the α domain and α/β domain of each monomer. Through structural analysis, we revealed three potential glycosylation sites: Asn94, Asn220, and Asn333. These sites contained varying numbers and forms of glycosyl units, suggesting sugar moieties influence PAP function. Furthermore, we found that the active sites of PAP, His44 and Asp290, are located between the two protein domains. Overall, our study not only provide an optimized approach for PAP purification, but also offer crucial insights into its structural characteristics. These findings lay the groundwork for further investigations into the physiological function and potential therapeutic applications of this important protein. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38393.map.gz | 28.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-38393-v30.xml emd-38393.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38393_fsc.xml | 6.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38393.png | 61.1 KB | ||
マスクデータ | emd_38393_msk_1.map | 30.5 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-38393.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_38393_half_map_1.map.gz emd_38393_half_map_2.map.gz | 28.2 MB 28.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38393 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38393 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8xj4MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38393.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_38393_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38393_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38393_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : structure of prostatic acid phosphatase in human semen
全体 | 名称: structure of prostatic acid phosphatase in human semen |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: structure of prostatic acid phosphatase in human semen
超分子 | 名称: structure of prostatic acid phosphatase in human semen タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Prostatic acid phosphatase
分子 | 名称: Prostatic acid phosphatase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 酸性ホスファターゼ |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Human seminal plasma |
分子量 | 理論値: 40.262949 KDa |
配列 | 文字列: LAKELKFVTL VFRHGDRSPI DTFPTDPIKE SSWPQGFGQL TQLGMEQHYE LGEYIRKRYR KFLNESYKHE QVYIRSTDVD RTLMSAMTN LAALFPPEGV SIWNPILLWQ PIPVHTVPLS EDQLLYLPFR NCPRFQELES ETLKSEEFQK RLHPYKDFIA T LGKLSGLH ...文字列: LAKELKFVTL VFRHGDRSPI DTFPTDPIKE SSWPQGFGQL TQLGMEQHYE LGEYIRKRYR KFLNESYKHE QVYIRSTDVD RTLMSAMTN LAALFPPEGV SIWNPILLWQ PIPVHTVPLS EDQLLYLPFR NCPRFQELES ETLKSEEFQK RLHPYKDFIA T LGKLSGLH GQDLFGIWSK VYDPLYCESV HNFTLPSWAT EDTMTKLREL SELSLLSLYG IHKQKEKSRL QGGVLVNEIL NH MKRATQI PSYKKLIMYS AHDTTVSGLQ MALDVYNGLL PPYASCHLTE LYFEKGEYFV EMYYRNETQH EPYPLMLPGC SPS CPLERF AELVGPVIPQ DWSTECMTTN S UniProtKB: Prostatic acid phosphatase |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #5: alpha-D-mannopyranose
分子 | 名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MAN |
---|---|
分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-MAN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 8.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |