[日本語] English
万見
- EMDB-38227: C. elegans apo-SID1 structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38227
タイトルC. elegans apo-SID1 structure
マップデータ
試料
  • 複合体: dimer of sid1
    • タンパク質・ペプチド: Systemic RNA interference defective protein 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードdsRNA recognition / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA transmembrane transporter activity / dsRNA transport / RNA transport / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / double-stranded RNA binding / lysosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SID1 transmembrane family / dsRNA-gated channel SID-1
類似検索 - ドメイン・相同性
Systemic RNA interference defective protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Gong DS
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government32271254 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis for double-stranded RNA recognition by SID1.
著者: Runhao Wang / Ye Cong / Dandan Qian / Chuangye Yan / Deshun Gong /
要旨: The nucleic acid transport properties of the systemic RNAi-defective (SID) 1 family make them attractive targets for developing RNA-based therapeutics and drugs. However, the molecular basis for ...The nucleic acid transport properties of the systemic RNAi-defective (SID) 1 family make them attractive targets for developing RNA-based therapeutics and drugs. However, the molecular basis for double-stranded (ds) RNA recognition by SID1 family remains elusive. Here, we report the cryo-EM structures of Caenorhabditis elegans (c) SID1 alone and in complex with dsRNA, both at a resolution of 2.2 Å. The dimeric cSID1 interacts with two dsRNA molecules simultaneously. The dsRNA is located at the interface between β-strand rich domain (BRD)1 and BRD2 and nearly parallel to the membrane plane. In addition to extensive ionic interactions between basic residues and phosphate backbone, several hydrogen bonds are formed between 2'-hydroxyl group of dsRNA and the contact residues. Additionally, the electrostatic potential surface shows three basic regions are fitted perfectly into three major grooves of dsRNA. These structural characteristics enable cSID1 to bind dsRNA in a sequence-independent manner and to distinguish between DNA and RNA. The cSID1 exhibits no conformational changes upon binding dsRNA, with the exception of a few binding surfaces. Structural mapping of dozens of loss-of-function mutations allows potential interpretation of their diverse functional mechanisms. Our study marks an important step toward mechanistic understanding of the SID1 family-mediated dsRNA uptake.
履歴
登録2023年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_38227.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38227.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.713
最小 - 最大-2.5400383 - 4.905752
平均 (標準偏差)-0.00021410648 (±0.12494379)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 277.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_38227_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38227_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : dimer of sid1

全体名称: dimer of sid1
要素
  • 複合体: dimer of sid1
    • タンパク質・ペプチド: Systemic RNA interference defective protein 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: dimer of sid1

超分子名称: dimer of sid1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

-
分子 #1: Systemic RNA interference defective protein 1

分子名称: Systemic RNA interference defective protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 90.081664 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MIRVYLIILM HLVIGLTHHH HHHVEDYKDD DDKQNNSTTP SPIITSSNSS VLVFEISSKM KMIEKKLEAN TVHVLRLELD QSFILDLTK VAAEIVDSSK YSKEDGVILE VTVSNGRDSF LLKLPTVYPN LKLYTDGKLL NPLVEQDFGA HRKRHRIGDP H FHQNLIVT ...文字列:
MIRVYLIILM HLVIGLTHHH HHHVEDYKDD DDKQNNSTTP SPIITSSNSS VLVFEISSKM KMIEKKLEAN TVHVLRLELD QSFILDLTK VAAEIVDSSK YSKEDGVILE VTVSNGRDSF LLKLPTVYPN LKLYTDGKLL NPLVEQDFGA HRKRHRIGDP H FHQNLIVT VQSRLNADID YRLHVTHLDR AQYDFLKFKT GQTTKTLSNQ KLTFVKPIGF FLNCSEQNIS QFHVTLYSED DI CANLITV PANESIYDRS VISDKTHNRR VLSFTKRADI FFTETEISMF KSFRIFVFIA PDDSGCSTNT SRKSFNEKKK ISF EFKKLE NQSYAVPTAL MMIFLTTPCL LFLPIVINII KNSRKLAPSQ SNLISFSPVP SEQRDMDLSH DEQQNTSSEL ENNG EIPAA ENQIVEEITA ENQETSVEEG NREIQVKIPL KQDSLSLHGQ MLQYPVAIIL PVLMHTAIEF HKWTTSTMAN RDEMC FHNH ACARPLGELR AWNNIITNIG YTLYGAIFIV LSICRRGRHE YSHVFGTYEC TLLDVTIGVF MVLQSIASAT YHICPS DVA FQFDTPCIQV ICGLLMVRQW FVRHESPSPA YTNILLVGVV SLNFLISAFS KTSYVRFIIA VIHVIVVGSI CLAKERS LG SEKLKTRFFI MAFSMGNFAA IVMYLTLSAF HLNQIATYCF IINCIMYLMY YGCMKVLHSE RITSKAKLCG ALSLLAWA V AGFFFFQDDT DWTRSAAASR ALNKPCLLLG FFGSHDLWHI FGALAGLFTF IFVSFVDDDL INTRKTSINI F

UniProtKB: Systemic RNA interference defective protein 1

-
分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

-
分子 #5: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

-
分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 762464
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る