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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38066
タイトルThe cryo-EM structure of the Mycobacterium tuberculosis CRISPR-Csm complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycobacteria CRISPR-Csm complexes
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm5
    • RNA: RNA (47-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Csm2
キーワードMycobacteria CRISPR-Csm complexes / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質)
機能・相同性CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR system Cms protein Csm5
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Liu MX / Li ZK
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82225028 中国
引用ジャーナル: FASEB J / 年: 2019
タイトル: Mycobacterium tuberculosis type III-A CRISPR/Cas system crRNA and its maturation have atypical features.
著者: Wenjing Wei / Shuai Zhang / Joy Fleming / Ying Chen / Zihui Li / Shanghua Fan / Yi Liu / Wei Wang / Ting Wang / Ying Liu / Baiguang Ren / Ming Wang / Jianjian Jiao / Yuanyuan Chen / Ying Zhou ...著者: Wenjing Wei / Shuai Zhang / Joy Fleming / Ying Chen / Zihui Li / Shanghua Fan / Yi Liu / Wei Wang / Ting Wang / Ying Liu / Baiguang Ren / Ming Wang / Jianjian Jiao / Yuanyuan Chen / Ying Zhou / Yafeng Zhou / Shoujin Gu / Xiaoli Zhang / Li Wan / Tao Chen / Lin Zhou / Yong Chen / Xian-En Zhang / Chuanyou Li / Hongtai Zhang / Lijun Bi /
要旨: Clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/CRISPR-associated protein (Cas) systems are prokaryotic adaptive immune systems against invading nucleic acids. CRISPR locus ...Clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/CRISPR-associated protein (Cas) systems are prokaryotic adaptive immune systems against invading nucleic acids. CRISPR locus variability has been exploited in evolutionary and epidemiological studies of Mycobacterium tuberculosis, the causative agent of tuberculosis, for over 20 yr, yet the biological function of this type III-A system is largely unexplored. Here, using cell biology and biochemical, mutagenic, and RNA-seq approaches, we show it is active in invader defense and has features atypical of type III-A systems: mature CRISPR RNA (crRNA) in its crRNA-CRISPR/Cas protein complex are of uniform length (∼71 nt) and appear not to be subject to 3'-end processing after Cas6 cleavage of repeat RNA 8 nt from its 3' end. crRNAs generated resemble mature crRNA in type I systems, having both 5' (8 nt) and 3' (28 nt) repeat tags. Cas6 cleavage of repeat RNA is ion dependent, and accurate cleavage depends on the presence of a 3' hairpin in the repeat RNA and the sequence of its stem base nucleotides. This study unveils further diversity among CRISPR/Cas systems and provides insight into the crRNA recognition mechanism in M. tuberculosis, providing a foundation for investigating the potential of a type III-A-based genome editing system.-Wei, W., Zhang, S., Fleming, J., Chen, Y., Li, Z., Fan, S., Liu, Y., Wang, W., Wang, T., Liu, Y., Ren, B., Wang, M., Jiao, J., Chen, Y., Zhou, Y., Zhou, Y., Gu, S., Zhang, X., Wan, L., Chen, T., Zhou, L., Chen, Y., Zhang, X.-E., Li, C., Zhang, H., Bi, L. Mycobacterium tuberculosis type III-A CRISPR/Cas system crRNA and its maturation have atypical features.
履歴
登録2023年11月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38066.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38066.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.349
最小 - 最大-1.2616274 - 3.1738565
平均 (標準偏差)-0.00023194296 (±0.04985265)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 427.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38066_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38066_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacteria CRISPR-Csm complexes

全体名称: Mycobacteria CRISPR-Csm complexes
要素
  • 複合体: Mycobacteria CRISPR-Csm complexes
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm5
    • RNA: RNA (47-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Csm2

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超分子 #1: Mycobacteria CRISPR-Csm complexes

超分子名称: Mycobacteria CRISPR-Csm complexes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

分子名称: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 26.147736 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAHMTTSYAK IEITGTLTVL TGLQIGAGDG FSAIGAVDKP VVRDPLSRLP MIPGTSLKGK VRTLLSRQYG ADTETFYRKP NEDHAHIRR LFGDTEEYMT GRLVFRDTKL TNKDDLEARG AKTLTEVKFE NAINRVTAKA NLRQMERVIP GSEFAFSLVY E VSFGTPGE ...文字列:
MAHMTTSYAK IEITGTLTVL TGLQIGAGDG FSAIGAVDKP VVRDPLSRLP MIPGTSLKGK VRTLLSRQYG ADTETFYRKP NEDHAHIRR LFGDTEEYMT GRLVFRDTKL TNKDDLEARG AKTLTEVKFE NAINRVTAKA NLRQMERVIP GSEFAFSLVY E VSFGTPGE EQKASLPSSD EIIEDFNAIA RGLKLLELDY LGGSGTRGYG QVKFSNLKAR AAVGALDGSL LEKLNHELAA V

UniProtKB: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

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分子 #2: CRISPR system Cms protein Csm5

分子名称: CRISPR system Cms protein Csm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 42.752129 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAHMNTYLKP FELTLRCLGP VFIGSGEKRT SKEYHVEGDR VYFPDMELLY ADIPAHKRKS FEAFVMNTDG AQATAPLKEW VEPNAVKLD PAKHRGYEVK IGSIEPRRAS RGRGGRMTRK KLTLNEIHAF IKDPLGRPYV PGSTVKGMLR SIYLQSLVHK R TAQPVRVP ...文字列:
MAHMNTYLKP FELTLRCLGP VFIGSGEKRT SKEYHVEGDR VYFPDMELLY ADIPAHKRKS FEAFVMNTDG AQATAPLKEW VEPNAVKLD PAKHRGYEVK IGSIEPRRAS RGRGGRMTRK KLTLNEIHAF IKDPLGRPYV PGSTVKGMLR SIYLQSLVHK R TAQPVRVP GHQTREHRQY GERFERKELR KSGRPNTRPQ DAVNDLFQAI RVTDSPALRT SDLLICQKMD MNVHGKPDGL PL FRECLAP GTSISHRVVV DTSPTARGGW REGERFLETL AETAASVNQA RYAEYRAMYP GVNAIVGPIV YLGGGAGYRS KTF VTDQDD MAKVLDAQFG KVVKHVDKTR ELRVSPLVLK RTKIDNICYE MGQCELSIRR AE

UniProtKB: CRISPR system Cms protein Csm5

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分子 #4: Csm2

分子名称: Csm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 15.346579 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAHMSVIQDD YVKQAEQVIR GLPKKNGDFE LTTTQLRVLL SLTAQLFDEA QLSSDQNLSP ALRDKVQYLR VRFVYQAGRE KAVRVFVER AGLLDELAQI GDSRDRLLKF CHYMEALVAY KKFLDPKETS KETE

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分子 #3: RNA (47-MER)

分子名称: RNA (47-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 59.360578 KDa
配列文字列:
GUCGUCAGAC CCAAAACCCC GAGAGGGGAC GGAAACUUAA AACCGUGUUG CACUGCAACC CGGAAUUCUU GCACGUCGUC AGACCCAAA ACCCCGAGAG GGGACGGAAA CUUAAAACCG UGUUGCACUG CAACCCGGAA UUCUUGCACG UCGUCAGACC C AAAACCCC GAGAGGGGAC GGAAAC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 119066

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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