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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37936 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human CD5L bound to IgM-Fc/J | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | immunoglobulin / CD5 antigen-like / pentamer / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of complement-dependent cytotoxicity / hexameric IgM immunoglobulin complex / kappa-type opioid receptor binding / dimeric IgA immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / interleukin-2 receptor binding / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex ...positive regulation of complement-dependent cytotoxicity / hexameric IgM immunoglobulin complex / kappa-type opioid receptor binding / dimeric IgA immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / interleukin-2 receptor binding / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / response to tacrolimus / positive regulation of plasma cell differentiation / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / IgA binding / positive regulation of tissue remodeling / pre-B cell allelic exclusion / glomerular filtration / IgM immunoglobulin complex / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / regulation of complement activation / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / natural killer cell activation / activated T cell proliferation / kinase activator activity / positive regulation of regulatory T cell differentiation / : / CD22 mediated BCR regulation / negative regulation of B cell apoptotic process / zymogen activation / Interleukin-2 signaling / positive regulation of immunoglobulin production / immune system process / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of interleukin-17 production / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / humoral immune response / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / cellular defense response / Scavenging of heme from plasma / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of B cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / complement activation, classical pathway / antigen binding / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / negative regulation of protein phosphorylation / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / antibacterial humoral response / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / RAF/MAP kinase cascade / carbohydrate binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / defense response to Gram-negative bacterium / response to ethanol / adaptive immune response / blood microparticle / transcription by RNA polymerase II / Potential therapeutics for SARS / cell adhesion / inflammatory response / immune response / serine-type endopeptidase activity / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang YX / Su C / Xiao JY | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: CD5L associates with IgM via the J chain. 著者: Yuxin Wang / Chen Su / Chenggong Ji / Junyu Xiao / 要旨: CD5 antigen-like (CD5L), also known as Spα or AIM (Apoptosis inhibitor of macrophage), emerges as an integral component of serum immunoglobulin M (IgM). However, the molecular mechanism underlying ...CD5 antigen-like (CD5L), also known as Spα or AIM (Apoptosis inhibitor of macrophage), emerges as an integral component of serum immunoglobulin M (IgM). However, the molecular mechanism underlying the interaction between IgM and CD5L has remained elusive. In this study, we present a cryo-electron microscopy structure of the human IgM pentamer core in complex with CD5L. Our findings reveal that CD5L binds to the joining chain (J chain) in a Ca-dependent manner and further links to IgM via a disulfide bond. We further corroborate recently published data that CD5L reduces IgM binding to the mucosal transport receptor pIgR, but does not impact the binding of the IgM-specific receptor FcμR. Additionally, CD5L does not interfere with IgM-mediated complement activation. These results offer a more comprehensive understanding of IgM and shed light on the function of the J chain in the immune system. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37936.map.gz | 230.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37936-v30.xml emd-37936.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37936.png | 62.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37936.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_37936_half_map_1.map.gz emd_37936_half_map_2.map.gz | 226.2 MB 226.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37936 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37936 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37936_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37936_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37936_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37936_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37936 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37936 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wyrMC 8wysC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37936.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37936_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37936_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of IgM-Fc with the J chain and CD5L
全体 | 名称: Ternary complex of IgM-Fc with the J chain and CD5L |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of IgM-Fc with the J chain and CD5L
超分子 | 名称: Ternary complex of IgM-Fc with the J chain and CD5L / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Interleukin-2,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant mu
分子 | 名称: Interleukin-2,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant mu タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Signal peptide from Interleukin-2,Immunoglobulin heavy constant mu コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 44.086461 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS ASAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KIDTTIAELP PKVSVFVPPR DGFFGNPRKS KLICQATGF SPRQIQVSWL REGKQVGSGV TTDQVQAEAK ESGPTTYKVT STLTIKESDW LGQSMFTCRV DHRGLTFQQN A SSMCVPDQ ...文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS ASAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KIDTTIAELP PKVSVFVPPR DGFFGNPRKS KLICQATGF SPRQIQVSWL REGKQVGSGV TTDQVQAEAK ESGPTTYKVT STLTIKESDW LGQSMFTCRV DHRGLTFQQN A SSMCVPDQ DTAIRVFAIP PSFASIFLTK STKLTCLVTD LTTYDSVTIS WTRQNGEAVK THTNISESHP NATFSAVGEA SI CEDDWNS GERFTCTVTH TDLPSPLKQT ISRPKGVALH RPDVYLLPPA REQLNLRESA TITCLVTGFS PADVFVQWMQ RGQ PLSPEK YVTSAPMPEP QAPGRYFAHS ILTVSEEEWN TGETYTCVVA HEALPNRVTE RTVDKSTGKP TLYNVSLVMS DTAG TCY UniProtKB: Interleukin-2, Immunoglobulin heavy constant mu |
-分子 #2: Immunoglobulin J chain
分子 | 名称: Immunoglobulin J chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 19.204727 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MKNHLLFWGV LAVFIKAVHV KAQEDERIVL VDNKCKCARI TSRIIRSSED PNEDIVERNI RIIVPLNNRE NISDPTSPLR TRFVYHLSD LCKKCDPTEV ELDNQIVTAT QSNICDEDSA TETCYTYDRN KCYTAVVPLV YGGETKMVET ALTPDACYPD Y PYDVPDYA UniProtKB: Immunoglobulin J chain |
-分子 #3: Interleukin-2,CD5 antigen-like
分子 | 名称: Interleukin-2,CD5 antigen-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 39.757547 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS ARIHHHHHHH HSPSGVRLVG GLHRCEGRVE VEQKGQWGTV CDDGWDIKDV AVLCRELGCG AASGTPSGI LYEPPAEKEQ KVLIQSVSCT GTEDTLAQCE QEEVYDCSHD EDAGASCENP ESSFSPVPEG VRLADGPGHC K GRVEVKHQ ...文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS ARIHHHHHHH HSPSGVRLVG GLHRCEGRVE VEQKGQWGTV CDDGWDIKDV AVLCRELGCG AASGTPSGI LYEPPAEKEQ KVLIQSVSCT GTEDTLAQCE QEEVYDCSHD EDAGASCENP ESSFSPVPEG VRLADGPGHC K GRVEVKHQ NQWYTVCQTG WSLRAAKVVC RQLGCGRAVL TQKRCNKHAY GRKPIWLSQM SCSGREATLQ DCPSGPWGKN TC NHDEDTW VECEDPFDLR LVGGDNLCSG RLEVLHKGVW GSVCDDNWGE KEDQVVCKQL GCGKSLSPSF RDRKCYGPGV GRI WLDNVR CSGEEQSLEQ CQHRFWGFHD CTHQEDVAVI CSG UniProtKB: Interleukin-2, CD5 antigen-like |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 10 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #6: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 381470 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |