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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of monkeypox virus polymerase complex F8-A22-E4-H5 with endogenous DNA | |||||||||
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![]() | Viral DNA replication / monkeypox virus / polymerase / H5 / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Wang X / Li N / Gao N | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the assembly and mechanism of mpox virus DNA polymerase complex F8-A22-E4-H5. 著者: Xiaohan Wang / Liangwen Ma / Ningning Li / Ning Gao / ![]() 要旨: The DNA replication of mpox virus is performed by the viral polymerase F8 and also requires other viral factors, including processivity factor A22, uracil DNA glycosylase E4, and phosphoprotein H5. ...The DNA replication of mpox virus is performed by the viral polymerase F8 and also requires other viral factors, including processivity factor A22, uracil DNA glycosylase E4, and phosphoprotein H5. However, the molecular roles of these viral factors remain unclear. Here, we characterize the structures of F8-A22-E4 and F8-A22-E4-H5 complexes in the presence of different primer-template DNA substrates. E4 is located upstream of F8 on the template single-stranded DNA (ssDNA) and is catalytically active, highlighting a functional coupling between DNA base-excision repair and DNA synthesis. Moreover, H5, in the form of tetramer, binds to the double-stranded DNA (dsDNA) region downstream of F8 in a similar position as PCNA (proliferating cell nuclear antigen) does in eukaryotic polymerase complexes. Omission of H5 or disruption of its DNA interaction showed a reduced synthesis of full-length DNA products. These structures provide snapshots for the working cycle of the polymerase and generate insights into the mechanisms of these essential factors in viral DNA replication. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 119.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 80.9 MB 80.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 707.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 706.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37722_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37722_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : F8-A22-E4-H5 with endogenous DNA
全体 | 名称: F8-A22-E4-H5 with endogenous DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: F8-A22-E4-H5 with endogenous DNA
超分子 | 名称: F8-A22-E4-H5 with endogenous DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: F8-A22-E4-H5
超分子 | 名称: F8-A22-E4-H5 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: DNA
超分子 | 名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: DNA polymerase
分子 | 名称: DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GenBank: URK20494.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 117.147102 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDVRCINWFE SHGENRFLYL KSRCRNGETV FIRFPHYFYY VVTDEIYQSL SPPPFNARPM GKMRTIDIDE TISYNLDIKD RKCSVADMW LIEEPKKRSI QNATMDEFFN ISWFYISNGI SPDGCYSLDE QYLTKINNGC YHCDDPRNCF AKEIPRFDIP R SYLFLDIE ...文字列: MDVRCINWFE SHGENRFLYL KSRCRNGETV FIRFPHYFYY VVTDEIYQSL SPPPFNARPM GKMRTIDIDE TISYNLDIKD RKCSVADMW LIEEPKKRSI QNATMDEFFN ISWFYISNGI SPDGCYSLDE QYLTKINNGC YHCDDPRNCF AKEIPRFDIP R SYLFLDIE CHFDKKFPSV FINPISHTSY CYIDLSGKRL LFTLINEEML TEQEIQEAVD RGCLRIQSLM EMDYERELVL CS EIVLLRI AKQLLELTFD YVVTFNGHNF DLRYITNRLE LLTGEKIIFR SPDKKEAVHL CIYERNQSSH KGVCGMANTT FHV NNNNGT IFFDLYSFIQ KSEKLDSYKL DSISKNAFSC MGKVLNRGVR EMTFIGDDTT DAKGKADTFA KVLTTGNYVT VDED IICKV IRKDILENGF KVVLSCPTLP NDIYKLSFGK DDIDLAQMYK DYNLNIALDM ARYCIHDACL CQYLWEYYGV ETKTD AGAA TYVLPQSMVF EYRASTIIKG PLLKLLLETK TILVRSETKQ KFPYEGGKVF APKQKMFSNN VLIFDYNSLY PNVCIF GNL SPETLVGVVV STNRLEEEIN NQLLLQKYPP PRYITVHCEP RLPNLISEIA IFDRSIEGTI PRLLRTFLAE RARYKKM LK QATSSTEKAI YDSMQYTYKI VANSVYGLMG FRNSALYSYA SAKSCTSIGR RMILYLESVL NGAELSNGML RFANTLSN P FYMDDRDINP IVKTSLPIDY RFRFRSVYGD TDSVFTEIDS QDVDKSIEIA KELERLINSR VLFNNFKIEF EAVYKNLIM QSKKKYTTMK YSASSNSKSV PERINKGTSE TRRDVSKFHK NMIKTYKTRL SEMLSEGRMN SNQVCIDILR SLETDLRSEF DSRSSPLEL FMLSRMHHSN YKSADNPNMY LVTEYNKNNP ETIELGERYY FAYICPANVP WTKKLVNIKT YETIIDRSFK L GSNQRIFY EVYFKRLTSE IVNLLDNKVL CISFFQRMFG SRPTFYEA |
-分子 #2: A22R DNA polymerase processivity factor
分子 | 名称: A22R DNA polymerase processivity factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: GenBank: URK20570.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 50.466277 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHGTG SMTSSADLTN LKELLSLYKS LRFSDSVAIE KYNSLVEWGT STYWKIGVQK VTNVETSISD YYDEVKNKPF NIDPGYYIF LPVYFGSVFI YSKGKNMVEL GSGNSFQIPD EIRSACNKVL DSDNGIDFLR FVLLNNRWIM EDAISKYQSP V NIFKLASE ...文字列: MHHHHHHGTG SMTSSADLTN LKELLSLYKS LRFSDSVAIE KYNSLVEWGT STYWKIGVQK VTNVETSISD YYDEVKNKPF NIDPGYYIF LPVYFGSVFI YSKGKNMVEL GSGNSFQIPD EIRSACNKVL DSDNGIDFLR FVLLNNRWIM EDAISKYQSP V NIFKLASE YGLNIPNYLE IEIEEDTLFD DELYSIMERS FDDTFPKISI SYIKLGELKR QVVDFFKFSF MYIESIKVDR IG DNIFIPS VITKSGKKIL VKDVDHLIRS KVREHTFVKV KKKNTFSILY DYDGNGTETR GEVIKRIIDT IGRDYYVNGK YFS KVGIAG LKQLTNKLDI NECATVDELV DEINKSGTVK RKIKNQSVFD LSRECLGYPE ADFITLVNNM RFKIENCKVV NFNI ENTNC LNNPSIETIY GNFNQFVSIF NTVTDVKKRL FE |
-分子 #3: E4R Uracil-DNA glycosylase, DNA polymerase processivity factor
分子 | 名称: E4R Uracil-DNA glycosylase, DNA polymerase processivity factor タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: GenBank: URK20538.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.107742 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MNSVTISHAP YTITYHDDWE PVMSQLVEFY NEVASWLLRD ETSPIPDKFF IQLKQPLRNK RVCVCGIDPY PKDGTGVPFE SPNFTKKSI KEIASSISRL TGVIDYKGYN LNIIDGVIPW NYYLSCKLGE TKSHAIYWDK ISKLLLQHIT KHVSVLYCLG K TDFSNIRA ...文字列: MNSVTISHAP YTITYHDDWE PVMSQLVEFY NEVASWLLRD ETSPIPDKFF IQLKQPLRNK RVCVCGIDPY PKDGTGVPFE SPNFTKKSI KEIASSISRL TGVIDYKGYN LNIIDGVIPW NYYLSCKLGE TKSHAIYWDK ISKLLLQHIT KHVSVLYCLG K TDFSNIRA KLESPVTTIV GYHPAARDHQ FEKDRSFEII NVLLELDNKT PINWAQGFIY |
-分子 #4: H5R late gene transcription factor
分子 | 名称: H5R late gene transcription factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: GenBank: URK20532.1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.107074 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAWSITNKAD TSSFTKMAEI RAHLRNSAEN KDKNEDIFPE DVIIPSTKPK TKRTTTPRKP AATKRSTKKD KEKEEVEEVV IEEYHQTTE ENSPPPSSSP GVGDIVESVA AVELDDSDGD DEPMVQVEAG KVNHSARSDL SDLKVATDNI VKDLKKIITR I SAVSTVLE ...文字列: MAWSITNKAD TSSFTKMAEI RAHLRNSAEN KDKNEDIFPE DVIIPSTKPK TKRTTTPRKP AATKRSTKKD KEKEEVEEVV IEEYHQTTE ENSPPPSSSP GVGDIVESVA AVELDDSDGD DEPMVQVEAG KVNHSARSDL SDLKVATDNI VKDLKKIITR I SAVSTVLE DVQAAGISRQ FTSMTKAITT LSDLVTEGKS KVVRKKVKTC KK |
-分子 #5: Primer DNA
分子 | 名称: Primer DNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 10.802956 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC) |
-分子 #6: Template DNA
分子 | 名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 14.73649 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 59.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1411000 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |