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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37622 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human VMAT2 in presence of Tetrabenazine, determined in an outward-facing conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Human VMAT2 / Tetrabenazine / outward-facing conformation / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serotonin secretion by mast cell / sequestering of neurotransmitter / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity ...serotonin secretion by mast cell / sequestering of neurotransmitter / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / serotonin uptake / dopaminergic synapse / dopamine transport / monoamine transmembrane transporter activity / histamine secretion by mast cell / monoamine transport / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / neurotransmitter transport / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to amphetamine / post-embryonic development / secretory granule membrane / locomotory behavior / terminal bouton / response to toxic substance / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / chemical synaptic transmission / axon / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / dendrite / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | |||||||||
データ登録者 | Qu Q / Wang Y / Zhou Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of human apo VMAT2 in an outward-facing conformation 著者: Qu Q / Wang Y / Zhou Z | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37622.map.gz | 38.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37622-v30.xml emd-37622.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37622_fsc.xml | 7.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37622.png | 25.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37622.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_37622_half_map_1.map.gz emd_37622_half_map_2.map.gz | 37.7 MB 37.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37622 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37622 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37622_validation.pdf.gz | 913.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37622_full_validation.pdf.gz | 913 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37622_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37622_validation.cif.gz | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37622 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37622 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wlkMC 8wljC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37622.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.932 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37622_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37622_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of vesicular Monoamine Transporter 2 with Tetrabenazine
全体 | 名称: Complex of vesicular Monoamine Transporter 2 with Tetrabenazine |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of vesicular Monoamine Transporter 2 with Tetrabenazine
超分子 | 名称: Complex of vesicular Monoamine Transporter 2 with Tetrabenazine タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Synaptic vesicular amine transporter
分子 | 名称: Synaptic vesicular amine transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 53.823184 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MALSELALVR WLQESRRSRK LILFIVFLAL LLDNMLLTVV VPIIPSYLYS IKHEKNATEI QTARPVHTAS ISDSFQSIFS YYDNSTMVT GNATRDLTLH QTATQHMVTN ASAVPSDCPS EDKDLLNENV QVGLLFASKA TVQLITNPFI GLLTNRIGYP I PIFAGFCI ...文字列: MALSELALVR WLQESRRSRK LILFIVFLAL LLDNMLLTVV VPIIPSYLYS IKHEKNATEI QTARPVHTAS ISDSFQSIFS YYDNSTMVT GNATRDLTLH QTATQHMVTN ASAVPSDCPS EDKDLLNENV QVGLLFASKA TVQLITNPFI GLLTNRIGYP I PIFAGFCI MFVSTIMFAF SSSYAFLLIA RSLQGIGSSC SSVAGMGMLA SVYTDDEERG NVMGIALGGL AMGVLVGPPF GS VLYEFVG KTAPFLVLAA LVLLDGAIQL FVLQPSRVQP ESQKGTPLTT LLKDPYILIA AGSICFANMG IAMLEPALPI WMM ETMCSR KWQLGVAFLP ASISYLIGTN IFGILAHKMG RWLCALLGMI IVGVSILCIP FAKNIYGLIA PNFGVGFAIG MVDS SMMPI MGYLVDLRHV SVYGSVYAIA DVAFCMGYAI GPSAGGAIAK AIGFPWLMTI IGIIDILFAP LCFFLRSPPS RLEEE LRRR TEGGSSDLEV LFQ UniProtKB: Synaptic vesicular amine transporter |
-分子 #2: (3S,5R,11bS)-9,10-dimethoxy-3-(2-methylpropyl)-1,3,4,6,7,11b-hexa...
分子 | 名称: (3S,5R,11bS)-9,10-dimethoxy-3-(2-methylpropyl)-1,3,4,6,7,11b-hexahydro-2H-pyrido[2,1-a]isoquinolin-2-one タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: EBZ |
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分子量 | 理論値: 317.423 Da |
Chemical component information | ChemComp-EBZ: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 50 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 260.0 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8wlk: |