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万見
- EMDB-3760: Sub-tomogram average of polar cap-associated hexameric protein ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3760
タイトルSub-tomogram average of polar cap-associated hexameric protein array from Pyrococcus furiosus
マップデータHexameric protein array associated with the polar cap in Pyrococcus furiosus
試料
  • 複合体: Pyrococcus furiosus cells
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 49.0 Å
データ登録者Daum B
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure and organisation of the archaellum machinery.
著者: Bertram Daum / Janet Vonck / Annett Bellack / Paushali Chaudhury / Robert Reichelt / Sonja-Verena Albers / Reinhard Rachel / Werner Kühlbrandt /
要旨: The archaellum is the macromolecular machinery that Archaea use for propulsion or surface adhesion, enabling them to proliferate and invade new territories. The molecular composition of the ...The archaellum is the macromolecular machinery that Archaea use for propulsion or surface adhesion, enabling them to proliferate and invade new territories. The molecular composition of the archaellum and of the motor that drives it appears to be entirely distinct from that of the functionally equivalent bacterial flagellum and flagellar motor. Yet, the structure of the archaellum machinery is scarcely known. Using combined modes of electron cryo-microscopy (cryoEM), we have solved the structure of the archaellum filament at 4.2 Å resolution and visualise the architecture and organisation of its motor complex . This allows us to build a structural model combining the archaellum and its motor complex, paving the way to a molecular understanding of archaeal swimming motion.
履歴
登録2017年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月28日-
マップ公開2017年7月12日-
更新2018年3月28日-
現状2018年3月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0216
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0216
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3760.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3760.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Hexameric protein array associated with the polar cap in Pyrococcus furiosus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.8 Å/pix.
x 80 pix.
= 864. Å		10.8 Å/pix.
x 80 pix.
= 864. Å		10.8 Å/pix.
x 80 pix.
= 864. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0216 / ムービー #1: 0.0216
最小 - 最大-0.30370003 - 0.23662
平均 (標準偏差)-0.038005464 (±0.03726913)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 864.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z10.810.810.8
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z864.000864.000864.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.3040.237-0.038

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pyrococcus furiosus cells

全体名称: Pyrococcus furiosus cells
要素
  • 複合体: Pyrococcus furiosus cells

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超分子 #1: Pyrococcus furiosus cells

超分子名称: Pyrococcus furiosus cells / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細frozen-hydrated cell suspension

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan Tridem
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 9.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 41000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 49.0 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.10) / 使用したサブトモグラム数: 57
抽出トモグラム数: 50 / 使用した粒子像数: 57 / 手法: sub-volumes picked manually / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.10)
詳細: sub-volumes were picked manually in 3Dmod and extracted using PEET
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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