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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37513 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the red-shifted Fittonia albivenis PSI-LHCI | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / PHOTOSYNTHESIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plastoglobule / chloroplast thylakoid / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid / chloroplast envelope / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...plastoglobule / chloroplast thylakoid / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid / chloroplast envelope / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Fittonia albivenis (植物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang GQ / Li XX / Sui SF / Qin XC | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure of the red-shifted Fittonia albivenis photosystem I. 著者: Xiuxiu Li / Guoqiang Huang / Lixia Zhu / Chenyang Hao / Sen-Fang Sui / Xiaochun Qin / 要旨: Photosystem I (PSI) from Fittonia albivenis, an Acanthaceae ornamental plant, is notable among green plants for its red-shifted emission spectrum. Here, we solved the structure of a PSI-light ...Photosystem I (PSI) from Fittonia albivenis, an Acanthaceae ornamental plant, is notable among green plants for its red-shifted emission spectrum. Here, we solved the structure of a PSI-light harvesting complex I (LHCI) supercomplex from F. albivenis at 2.46-Å resolution using cryo-electron microscopy. The supercomplex contains a core complex of 14 subunits and an LHCI belt with four antenna subunits (Lhca1-4) similar to previously reported angiosperm PSI-LHCI structures; however, Lhca3 differs in three regions surrounding a dimer of low-energy chlorophylls (Chls) termed red Chls, which absorb far-red beyond visible light. The unique amino acid sequences within these regions are exclusively shared by plants with strongly red-shifted fluorescence emission, suggesting candidate structural elements for regulating the energy state of red Chls. These results provide a structural basis for unraveling the mechanisms of light harvest and transfer in PSI-LHCI of under canopy plants and for designing Lhc to harness longer-wavelength light in the far-red spectral range. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37513.map.gz | 97.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37513-v30.xml emd-37513.xml | 35.6 KB 35.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37513.png | 154.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37513.cif.gz | 9.3 KB | ||
その他 | emd_37513_half_map_1.map.gz emd_37513_half_map_2.map.gz | 95.6 MB 95.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37513 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37513 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37513_validation.pdf.gz | 1006.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37513_full_validation.pdf.gz | 1006.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37513_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37513_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37513 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37513 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wghMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37513_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37513_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Photosystem I complex
+超分子 #1: Photosystem I complex
+分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein 1
+分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein 2
+分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein 3
+分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein 4
+分子 #5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #7: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit II
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
+分子 #11: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #12: Photosystem I reaction center subunit VI
+分子 #13: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #14: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #15: Photosystem I reaction center subunit psaK
+分子 #16: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #17: Photosystem I reaction center subunit N
+分子 #18: Photosystem I reaction center subunit O
+分子 #19: CHLOROPHYLL B
+分子 #20: CHLOROPHYLL A
+分子 #21: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #22: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...
+分子 #23: BETA-CAROTENE
+分子 #24: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #25: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #26: heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside
+分子 #27: PHYLLOQUINONE
+分子 #28: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #29: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #30: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 157342 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |