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- EMDB-37442: FCP pentamer in Chaetoceros gracilis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37442
タイトルFCP pentamer in Chaetoceros gracilis
マップデータ
試料
  • 複合体: FCP pentamer in Chaetoceros gracilis
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a/c-binding protein Lhcf6
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin-chlorophyll a/c protein
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a/b-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a/c-binding protein Lhcf7
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
キーワードFCP pentamer in Chaetoceros gracilis / PHOTOSYNTHESIS
生物種Chaetoceros neogracilis (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Feng Y / Li Z / Zhou C / Liu C / Shen J-R / Wang W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2024
タイトル: Structural and spectroscopic insights into fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins of diatoms in diverse oligomeric states.
著者: Cuicui Zhou / Yue Feng / Zhenhua Li / Lili Shen / Xiaoyi Li / Yumei Wang / Guangye Han / Tingyun Kuang / Cheng Liu / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Diatoms, a group of prevalent marine algae, significantly contribute to global primary productivity. Their substantial biomass is linked to enhanced absorption of blue-green light underwater, ...Diatoms, a group of prevalent marine algae, significantly contribute to global primary productivity. Their substantial biomass is linked to enhanced absorption of blue-green light underwater, facilitated by fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (FCPs), exhibiting oligomeric diversity across diatom species. Utilizing mild CN-PAGE analysis on solubilized thylakoid membranes, we displayed monomeric, dimeric, trimeric, tetrameric and pentameric FCPs in diatoms. Mass spectrometry analysis revealed each oligomeric FCP has specific protein compositions, constituting a large Lhcf family of FCP antennas. In addition, we resolved the structures of Thalassiosira pseudonana FCP (Tp-FCP) homotrimer and Chaetoceros gracilis FCP (Cg-FCP) pentamer by cryo-electron microscopy at 2.73 Å and 2.65 Å resolutions, respectively. The distinct pigment composition and organization in various oligomeric FCPs change their blue-green light-harvesting, excitation energy transfer pathways. In comparison to dimeric and trimeric FCPs, Cg-FCP tetramer and Cg-FCP pentamer exhibit stronger absorption by Chls c, red-shifted and broader Chl a fluorescence emission, as well as more robust circular dichroism signals originating from Chl a-carotenoid dimers. These spectroscopic characteristics indicate that Chl a molecules in Cg-FCP tetramer and Cg-FCP pentamer are more heterogeneous than in both dimers and Tp-FCP trimer. The structural and spectroscopic insights provided by this study contribute to a better understanding of the mechanisms that empower diatoms to adapt to fluctuating light environments.
履歴
登録2023年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37442.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37442.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 480 pix.
= 499.2 Å		1.04 Å/pix.
x 480 pix.
= 499.2 Å		1.04 Å/pix.
x 480 pix.
= 499.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-0.52565366 - 1.18676
平均 (標準偏差)-0.00038450657 (±0.013717871)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 499.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37442_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_37442_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FCP pentamer in Chaetoceros gracilis

全体名称: FCP pentamer in Chaetoceros gracilis
要素
  • 複合体: FCP pentamer in Chaetoceros gracilis
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a/c-binding protein Lhcf6
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin-chlorophyll a/c protein
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a/b-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a/c-binding protein Lhcf7
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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超分子 #1: FCP pentamer in Chaetoceros gracilis

超分子名称: FCP pentamer in Chaetoceros gracilis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3, #2, #4
由来(天然)生物種: Chaetoceros neogracilis (珪藻)

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分子 #1: Chlorophyll a/c-binding protein Lhcf6

分子名称: Chlorophyll a/c-binding protein Lhcf6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros neogracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.75874 KDa
配列文字列: MMKTAILAAM LGSAAAFVPA QQSKVSTSLA ASELEDGIGA VAPLGYFDPL GYIKDEETFI RYRAVERKHG RVAMMAMLGT FVHNNGWTF DGYLSPSQGL KFSDIDSGIG GLFQVPPAGL AQIILLCGFV ELAWWPASNL SGDYGVRLGT LNDWEEQPAK Y YRQKNAEL ...文字列:
MMKTAILAAM LGSAAAFVPA QQSKVSTSLA ASELEDGIGA VAPLGYFDPL GYIKDEETFI RYRAVERKHG RVAMMAMLGT FVHNNGWTF DGYLSPSQGL KFSDIDSGIG GLFQVPPAGL AQIILLCGFV ELAWWPASNL SGDYGVRLGT LNDWEEQPAK Y YRQKNAEL NNGRAAMMGI LGTFTHEVIT GQNFAEQAAA GHFSPFGDGQ GFF

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分子 #2: Chlorophyll a/b-binding protein

分子名称: Chlorophyll a/b-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros neogracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.098182 KDa
配列文字列: MKLAVAALLV ASAAAFAPAP ASKASTSLKV SEIELGVTEP LGVYDPLGWL ESEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDG YLSPSNNLKF SDIPTGVDGI RAIPTAGLAQ ILAFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGYFGTD IKDPEEKARK L NVELNNGR ...文字列:
MKLAVAALLV ASAAAFAPAP ASKASTSLKV SEIELGVTEP LGVYDPLGWL ESEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDG YLSPSNNLKF SDIPTGVDGI RAIPTAGLAQ ILAFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGYFGTD IKDPEEKARK L NVELNNGR AAMMGIMGNM VAEVLTGQTM YEQYASGHIS PFGDGQGVF

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分子 #3: Fucoxanthin-chlorophyll a/c protein

分子名称: Fucoxanthin-chlorophyll a/c protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros neogracilis (珪藻)
分子量理論値: 21.143453 KDa
配列文字列: MKLALLASLV ASAAAFAPSK VAQTSTALKA FENELGAQPP LGFFDPLGLV EDGNQAKFDR LRYVELKHGR ISMLAVVGYL IEKAGIRLP GNISYDGTSF ADIPDGFAAL SKIPDAGLFQ LFAFIGFLEV FVMKDITGGE FVGDFRNGFI DFGWDSFDEE T KLKKRAIE ...文字列:
MKLALLASLV ASAAAFAPSK VAQTSTALKA FENELGAQPP LGFFDPLGLV EDGNQAKFDR LRYVELKHGR ISMLAVVGYL IEKAGIRLP GNISYDGTSF ADIPDGFAAL SKIPDAGLFQ LFAFIGFLEV FVMKDITGGE FVGDFRNGFI DFGWDSFDEE T KLKKRAIE LNQGRAAMMG ILALMVHEKL GVSLLPQ

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分子 #4: Chlorophyll a/c-binding protein Lhcf7

分子名称: Chlorophyll a/c-binding protein Lhcf7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros neogracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.298115 KDa
配列文字列: MKLAIAALLA TSAAAFTTSP ASRATTSLQV SEIELGATEP LGVFDPLGWL ETEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDG YISPSNNLKF SDIPTGIDGI FSVPTAGLAQ IIAFLGFVEL AWLPASQYDG DYGVGYFGND ILDPEEKARK L NAELNNGR ...文字列:
MKLAIAALLA TSAAAFTTSP ASRATTSLQV SEIELGATEP LGVFDPLGWL ETEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDG YISPSNNLKF SDIPTGIDGI FSVPTAGLAQ IIAFLGFVEL AWLPASQYDG DYGVGYFGND ILDPEEKARK L NAELNNGR AAMMGIMGNM VAEKITGQTM YEQYAAGHFN PFNDGEGFF

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分子 #5: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 30 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

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分子 #6: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 29 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #7: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 9 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #8: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 9 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

+
分子 #9: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 5 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #10: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 681510
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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