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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast TOM core complex (from TOM-TIM23 complex) | |||||||||
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![]() | TOM complex / TRANSLOCASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport ...mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
![]() | Wang Q / Guan ZY / Zhuang JJ / Huang R / Yin P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The architecture of substrate-engaged TOM-TIM23 supercomplex reveals preprotein proximity sites for mitochondrial protein translocation. 著者: Qiang Wang / Jinjin Zhuang / Rui Huang / Zeyuan Guan / Ling Yan / Sixing Hong / Liying Zhang / Can Huang / Zhu Liu / Ping Yin / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 167.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 119.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 165.3 MB 165.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 869.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 869.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8w5jMC ![]() 8w5kC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37294_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37294_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : TOM-TIM23 complex
全体 | 名称: TOM-TIM23 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: TOM-TIM23 complex
超分子 | 名称: TOM-TIM23 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 42.071141 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSAPTPLAEA SQIPTIPALS PLTAKQSKGN FFSSNPISSF VVDTYKQLHS HRQSLELVNP GTVENLNKEV SRDVFLSQYF FTGLRADLN KAFSMNPAFQ TSHTFSIGSQ ALPKYAFSAL FANDNLFAQG NIDNDLSVSG RLNYGWDKKN ISKVNLQISD G QPTMCQLE ...文字列: MSAPTPLAEA SQIPTIPALS PLTAKQSKGN FFSSNPISSF VVDTYKQLHS HRQSLELVNP GTVENLNKEV SRDVFLSQYF FTGLRADLN KAFSMNPAFQ TSHTFSIGSQ ALPKYAFSAL FANDNLFAQG NIDNDLSVSG RLNYGWDKKN ISKVNLQISD G QPTMCQLE QDYQASDFSV NVKTLNPSFS EKGEFTGVAV ASFLQSVTPQ LALGLETLYS RTDGSAPGDA GVSYLTRYVS KK QDWIFSG QLQANGALIA SLWRKVAQNV EAGIETTLQA GMVPITDPLM GTPIGIQPTV EGSTTIGAKY EYRQSVYRGT LDS NGKVAC FLERKVLPTL SVLFCGEIDH FKNDTKIGCG LQFETAGNQE LLMLQQGLDA DGNPLQALPQ L UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 |
-分子 #2: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 16.801373 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVELTEIKDD VVQLDEPQFS RNQAIVEEKA SATNNDVVDD EDDSDSDFED EFDENETLLD RIVALKDIVP PGKRQTISNF FGFTSSFVR NAFTKSGNLA WTLTTTALLL GVPLSLSILA EQQLIEMEKT FDLQSDANNI LAQGEKDAAA TAN UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 |
-分子 #3: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 5.993924 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MFGLPQQEVS EEEKRAHQEQ TEKTLKQAAY VAAFLWVSPM IWHLVKKQWK UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 |
-分子 #4: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 6.41046 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDGMFAMPGA AAGAASPQQP KSRFQAFKES PLYTIALNGA FFVAGVAFIQ SPLMDMLAPQ L UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 |
-分子 #5: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 6.876955 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSFLPSFILS DESKERISKI LTLTHNVAHY GWIPFVLYLG WAHTSNRPNF LNLLSPLPSV UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 |
-分子 #6: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradeca...
分子 | 名称: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl tetradecanoate タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 46E |
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分子量 | 理論値: 635.853 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-46E: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 50070 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |