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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Molecular mechanism of prostaglandin transporter SLCO2A1 | |||||||||
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![]() | SLCO family / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Defective SLCO2A1 causes primary, autosomal recessive hypertrophic osteoarthropathy 2 (PHOAR2) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / lipid transporter activity / lipid transport / basal plasma membrane / basolateral plasma membrane ...Defective SLCO2A1 causes primary, autosomal recessive hypertrophic osteoarthropathy 2 (PHOAR2) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / lipid transporter activity / lipid transport / basal plasma membrane / basolateral plasma membrane / lysosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Li YH / Qu QH / Zhu ZN / Chao YL / Zhou ZX | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanism of prostaglandin transporter SLCO2A1 著者: Li YH / Qu QH | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 38.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 73.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 37.7 MB 37.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8kgv M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.932 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37233_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37233_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Membrane Protein sample
全体 | 名称: Membrane Protein sample |
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要素 |
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-超分子 #1: Membrane Protein sample
超分子 | 名称: Membrane Protein sample / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
分子 | 名称: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 68.543078 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector Flag-EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
配列 | 文字列: MGLLPKLGAS QGSDTSTSRA GRCARSVFGN IKVFVLCQGL LQLCQLLYSA YFKSSLTTIE KRFGLSSSSS GLISSLNEIS NAILIIFVS YFGSRVHRPR LIGIGGLFLA AGAFILTLPH FLSEPYQYTL ASTGNNSRLQ AELCQKHWQD LPPSKCHSTT Q NPQKETSS ...文字列: MGLLPKLGAS QGSDTSTSRA GRCARSVFGN IKVFVLCQGL LQLCQLLYSA YFKSSLTTIE KRFGLSSSSS GLISSLNEIS NAILIIFVS YFGSRVHRPR LIGIGGLFLA AGAFILTLPH FLSEPYQYTL ASTGNNSRLQ AELCQKHWQD LPPSKCHSTT Q NPQKETSS MWGLMVVAQL LAGIGTVPIQ PFGISYVDDF SEPSNSPLYI SILFAISVFG PAFGYLLGSV MLQIFVDYGR VN TAAVNLV PGDPRWIGAW WLGLLISSAL LVLTSFPFFF FPRAMPIGAK RAPATADEAR KLEEAKSRGS LVDFIKRFPC IFL RLLMNS LFVLVVLAQC TFSSVIAGLS TFLNKFLEKQ YGTSAAYANF LIGAVNLPAA ALGMLFGGIL MKRFVFSLQA IPRI ATTII TISMILCVPL FFMGCSTPTV AEVYPPSTSS SIHPQSPACR RDCSCPDSIF HPVCGDNGIE YLSPCHAGCS NINMS SATS KQLIYLNCSC VTGGSASAKT GSCPVPCAHF LLPAIFLISF VSLIACISHN PLYMMVLRVV NQEEKSFAIG VQFLLM RLL AWLPSPALYG LTIDHSCIRW NSLCLGRRGA CAYYDNDALR DRYLGLQMGY KALGMLLLCF ISWRVK UniProtKB: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1 |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.3 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 238917 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |