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- EMDB-37210: Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37210
タイトルPrefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0,Fibritin
    • タンパク質・ペプチド: D25 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: D25 light chain
  • リガンド: 4-{2-[4-(3,10-DIBROMO-8-CHLORO-6,11-DIHYDRO-5H-BENZO[5,6]CYCLOHEPTA[1,2-B]PYRIDIN-11-YL)PIPERIDIN-1-YL]-2-OXOETHYL}PIPERIDINE-1-CARBOXAMIDE
キーワードRespiratory syncytial virus (RSウイルス) / F protein / Lonafarnib / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell ...positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (RSウイルス) / Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Yang Q / Xue B / Liu F / Peng W / Chen X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000111 中国
引用ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2024
タイトル: Farnesyltransferase inhibitor lonafarnib suppresses respiratory syncytial virus infection by blocking conformational change of fusion glycoprotein.
著者: Qi Yang / Bao Xue / Fengjiang Liu / Yongzhi Lu / Jielin Tang / Mengrong Yan / Qiong Wu / Ruyi Chen / Anqi Zhou / Lijie Liu / Junjun Liu / Changbin Qu / Qingxin Wu / Muqing Fu / Jiayi Zhong / ...著者: Qi Yang / Bao Xue / Fengjiang Liu / Yongzhi Lu / Jielin Tang / Mengrong Yan / Qiong Wu / Ruyi Chen / Anqi Zhou / Lijie Liu / Junjun Liu / Changbin Qu / Qingxin Wu / Muqing Fu / Jiayi Zhong / Jianwei Dong / Sijie Chen / Fan Wang / Yuan Zhou / Jie Zheng / Wei Peng / Jinsai Shang / Xinwen Chen /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is the major cause of bronchiolitis and pneumonia in young children and the elderly. There are currently no approved RSV-specific therapeutic small molecules ...Respiratory syncytial virus (RSV) is the major cause of bronchiolitis and pneumonia in young children and the elderly. There are currently no approved RSV-specific therapeutic small molecules available. Using high-throughput antiviral screening, we identified an oral drug, the prenylation inhibitor lonafarnib, which showed potent inhibition of the RSV fusion process. Lonafarnib exhibited antiviral activity against both the RSV A and B genotypes and showed low cytotoxicity in HEp-2 and human primary bronchial epithelial cells (HBEC). Time-of-addition and pseudovirus assays demonstrated that lonafarnib inhibits RSV entry, but has farnesyltransferase-independent antiviral efficacy. Cryo-electron microscopy revealed that lonafarnib binds to a triple-symmetric pocket within the central cavity of the RSV F metastable pre-fusion conformation. Mutants at the RSV F sites interacting with lonafarnib showed resistance to lonafarnib but remained fully sensitive to the neutralizing monoclonal antibody palivizumab. Furthermore, lonafarnib dose-dependently reduced the replication of RSV in BALB/c mice. Collectively, lonafarnib could be a potential fusion inhibitor for RSV infection.
履歴
登録2023年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37210.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 280.32 Å		0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 280.32 Å		0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 280.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.47712252 - 0.7393384
平均 (標準偏差)0.0006844678 (±0.0197544)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 280.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37210_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37210_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab

全体名称: Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab
要素
  • 複合体: Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0,Fibritin
    • タンパク質・ペプチド: D25 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: D25 light chain
  • リガンド: 4-{2-[4-(3,10-DIBROMO-8-CHLORO-6,11-DIHYDRO-5H-BENZO[5,6]CYCLOHEPTA[1,2-B]PYRIDIN-11-YL)PIPERIDIN-1-YL]-2-OXOETHYL}PIPERIDINE-1-CARBOXAMIDE

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超分子 #1: Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab

超分子名称: Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (RSウイルス)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0,Fibritin

分子名称: Fusion glycoprotein F0,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 64.530602 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MELLILKANA ITTILTAVTF CFASGQNITE EFYQSTCSAV SKGYLSALRT GWYTSVITIE LSNIKENKCN GTDAKVKLIK QELDKYKNA VTELQLLMQS TPATNNRARR ELPRFMNYTL NNAKKTNVTL SKKRKRRFLG FLLGVGSAIA SGVAVCKVLH L EGEVNKIK ...文字列:
MELLILKANA ITTILTAVTF CFASGQNITE EFYQSTCSAV SKGYLSALRT GWYTSVITIE LSNIKENKCN GTDAKVKLIK QELDKYKNA VTELQLLMQS TPATNNRARR ELPRFMNYTL NNAKKTNVTL SKKRKRRFLG FLLGVGSAIA SGVAVCKVLH L EGEVNKIK SALLSTNKAV VSLSNGVSVL TFKVLDLKNY IDKQLLPILN KQSCSISNIE TVIEFQQKNN RLLEITREFS VN AGVTTPV STYMLTNSEL LSLINDMPIT NDQKKLMSNN VQIVRQQSYS IMCIIKEEVL AYVVQLPLYG VIDTPCWKLH TSP LCTTNT KEGSNICLTR TDRGWYCDNA GSVSFFPQAE TCKVQSNRVF CDTMNSLTLP SEVNLCNVDI FNPKYDCKIM TSKT DVSSS VITSLGAIVS CYGKTKCTAS NKNRGIIKTF SNGCDYVSNK GVDTVSVGNT LYYVNKQEGK SLYVKGEPII NFYDP LVFP SDEFDASISQ VNEKINQSLA FIRKSDELLG SGYIPEAPRD GQAYVRKDGE WVFLSTFLSG LEVLFQGPGG WSHPQF EKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG GS

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0, Fibritin

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分子 #2: D25 heavy chain

分子名称: D25 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.504629 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVMV SCQASGGPLR NYIINWLRQA PGQGPEWMGG IIPVLGTVHY APKFQGRVTI TADESTDTAY IHLISLRSE DTAMYYCATE TALVVSTTYL PHYFDNWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSVMV SCQASGGPLR NYIINWLRQA PGQGPEWMGG IIPVLGTVHY APKFQGRVTI TADESTDTAY IHLISLRSE DTAMYYCATE TALVVSTTYL PHYFDNWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CDK

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分子 #3: D25 light chain

分子名称: D25 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.325865 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSAAVGDRVT ITCQASQDIV NYLNWYQQKP GKAPKLLIYV ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FSLTISSLQP EDVATYYCQ QYDNLPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSAAVGDRVT ITCQASQDIV NYLNWYQQKP GKAPKLLIYV ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FSLTISSLQP EDVATYYCQ QYDNLPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: 4-{2-[4-(3,10-DIBROMO-8-CHLORO-6,11-DIHYDRO-5H-BENZO[5,6]CYCLOHEP...

分子名称: 4-{2-[4-(3,10-DIBROMO-8-CHLORO-6,11-DIHYDRO-5H-BENZO[5,6]CYCLOHEPTA[1,2-B]PYRIDIN-11-YL)PIPERIDIN-1-YL]-2-OXOETHYL}PIPERIDINE-1-CARBOXAMIDE
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: 336
分子量理論値: 638.822 Da
Chemical component information

ChemComp-336:
4-{2-[4-(3,10-DIBROMO-8-CHLORO-6,11-DIHYDRO-5H-BENZO[5,6]CYCLOHEPTA[1,2-B]PYRIDIN-11-YL)PIPERIDIN-1-YL]-2-OXOETHYL}PIPERIDINE-1-CARBOXAMIDE / SCH-66336 / 薬剤*YM / Lonafarnib

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 37059

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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