EMDB-37184: Apoferritin (4K single-frame micrograph PASR processing) for PASR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-37184

タイトル

Apoferritin (4K single-frame micrograph PASR processing) for PASR validation tests

マップデータ

Post-processed single frame PASR Apoferritin

試料

複合体: Apoferritin (Post-MOTCOR PASR)

キーワード

PASR / post-acquisition super resolution / apoferritin / METAL BINDING PROTEIN

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å

データ登録者

Burton-Smith RN / Murata K

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apoferritin (4K single-frame micrograph PASR processing) for PASR validation tests
著者: Burton-Smith RN / Murata K

履歴

登録	2023年8月13日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年1月17日	-
マップ公開	2024年1月17日	-
更新	2024年1月17日	-
現状	2024年1月17日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_37184.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_37184.map.gz	55.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-37184-v30.xml emd-37184.xml	11.2 KB 11.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_37184_fsc.xml	9.1 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_37184.png	142.4 KB
Filedesc metadata	emd-37184.cif.gz	3.7 KB
その他	emd_37184_half_map_1.map.gz emd_37184_half_map_2.map.gz	46.4 MB 46.5 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37184 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37184	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_37184_validation.pdf.gz	616.9 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_37184_full_validation.pdf.gz	616.4 KB	表示
XML形式データ	emd_37184_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	emd_37184_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37184 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37184	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_37184.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Post-processed single frame PASR Apoferritin

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.96 Å/pix. x 256 pix. = 244.736 Å	0.96 Å/pix. x 256 pix. = 244.736 Å	0.96 Å/pix. x 256 pix. = 244.736 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.956 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.045
最小 - 最大	-0.16691986 - 0.25812158
平均 (標準偏差)	-0.000005541682 (±0.015055907)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: Half-map 1 single frame PASR Apoferritin

ファイル

emd_37184_half_map_1.map

注釈

Half-map 1 single frame PASR Apoferritin

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 2 single frame PASR Apoferritin

ファイル

emd_37184_half_map_2.map

注釈

Half-map 2 single frame PASR Apoferritin

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Apoferritin (Post-MOTCOR PASR)

全体	名称: Apoferritin (Post-MOTCOR PASR)
要素	複合体: Apoferritin (Post-MOTCOR PASR)

-
超分子 #1: Apoferritin (Post-MOTCOR PASR)

超分子	名称: Apoferritin (Post-MOTCOR PASR) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量	理論値: 500 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48013
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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-全体 : Apoferritin (Post-MOTCOR PASR)

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